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发表于 2008-10-29 13:12:00
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恩,Rosetta不是模拟蛋白质折叠,而是预测蛋白质折叠结构。模拟蛋白质折叠的是FAH,他是模拟实际情况下蛋白质折叠模型,用了几种目前著名的算法(当然,算法还在改进中,算法的改进与优化测试,也属于FAH的计算项目之一)。FAH很好懂,就是模拟蛋白质折叠,然后筛选出误折的,然后研究它折叠的过程和机理,从而对相关人类疾病有进一步的了解,为开发新药、发现新的生物学理论做贡献。
但Rosetta我就不是很能理解了,他的目的是找到每一种蛋白质结构的稳态模型,由于稳态是分子真正处于的状态,所以如果找到了某个蛋白质分子的最低能量状态,也就是稳态,那么也就找到了该蛋白质分子实际的状态和模型了,这就是模型预测。但是预测出来的模型,接下来拿来干嘛,我就不理解了。这种预测貌似并不涉及折叠过程(or折叠过程也沿着一系列的最低能量状态进行?所以这种预测也包括折叠过程?),只有折叠的结果,是如何帮助研究呢?我猜想,要么他也对折叠过程有预测记录,要么可能是同一个蛋白质分子,有一种以上的稳态折叠,有的是属于正常折叠,有的折叠导致疾病,于是科学家会从对比研究中获益。
相对而言,Rosetta的计算量远低于FAH,但FAH的做法更彻底,在计算能力相同的情况下,Rosetta更能快速的预测并定位特定蛋白质折叠,有助于快速找出致病原因。而FAH更全面和完整,对于人类更全面的掌握蛋白质更有帮助。
好在FAH的计算能力远高于Rosetta,虽然FAH计算量巨大,但由于计算能力远远地把甚至世界上最强的计算机也抛在后面,所以并不影响其进度。HOHO |
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