蛋白质折叠～～！

vongarnet

作为玩了几年蛋白的同志
感觉体内折叠和体外折叠完全是2回事
而且体内折叠模拟必须考虑分子伴侣的存在
各个物种之间分子伴侣还不一样
所以说同志们 路还远着呢
但是不是不能模拟 只是难以模拟

[ 本帖最后由 vongarnet 于 2008-7-20 21:32 编辑 ]

celei

恩，Rosetta不是模拟蛋白质折叠，而是预测蛋白质折叠结构。模拟蛋白质折叠的是FAH，他是模拟实际情况下蛋白质折叠模型，用了几种目前著名的算法（当然，算法还在改进中，算法的改进与优化测试，也属于FAH的计算项目之一）。FAH很好懂，就是模拟蛋白质折叠，然后筛选出误折的，然后研究它折叠的过程和机理，从而对相关人类疾病有进一步的了解，为开发新药、发现新的生物学理论做贡献。

但Rosetta我就不是很能理解了，他的目的是找到每一种蛋白质结构的稳态模型，由于稳态是分子真正处于的状态，所以如果找到了某个蛋白质分子的最低能量状态，也就是稳态，那么也就找到了该蛋白质分子实际的状态和模型了，这就是模型预测。但是预测出来的模型，接下来拿来干嘛，我就不理解了。这种预测貌似并不涉及折叠过程（or折叠过程也沿着一系列的最低能量状态进行？所以这种预测也包括折叠过程？），只有折叠的结果，是如何帮助研究呢？我猜想，要么他也对折叠过程有预测记录，要么可能是同一个蛋白质分子，有一种以上的稳态折叠，有的是属于正常折叠，有的折叠导致疾病，于是科学家会从对比研究中获益。

相对而言，Rosetta的计算量远低于FAH，但FAH的做法更彻底，在计算能力相同的情况下，Rosetta更能快速的预测并定位特定蛋白质折叠，有助于快速找出致病原因。而FAH更全面和完整，对于人类更全面的掌握蛋白质更有帮助。

好在FAH的计算能力远高于Rosetta，虽然FAH计算量巨大，但由于计算能力远远地把甚至世界上最强的计算机也抛在后面，所以并不影响其进度。HOHO

Julian_Yuen

外行人要发言啦咔咔

http://www.equn.com/forum/thread-17307-1-1.html

话说 feynord 大侠似乎很久不来了....

celei

俺太外行了，呵呵～

[ 本帖最后由 celei 于 2008-10-29 13:36 编辑 ]

celei

偶是外行人哈，试图通过一些wikipedia以及相关网页上的介绍来理解两者的不同。多谢资深顾问先生/小姐的链接哈，可以使俺了解更多一些。
根据您的链接里所提供的信息，Rosetta对于发现和发明新药似乎更有帮助地说，毕竟他着重于设计。 使俺更坚定的计算Rosetta鸟。俺之前进出Rosetta好几次了，呵呵～

[ 本帖最后由 celei 于 2008-10-29 13:35 编辑 ]

gongmao1_2000

我对这个不关注,反正算着玩,呵呵
等我有钱换好的显卡了我会参加folding@home的