POEM@HOME

来自中国分布式计算总站
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无屏保图形
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开发者 卡尔斯鲁厄理工学院Germany.gif
版本历史 2007年11月13日
计算程序 WindowsLinuxMac OS X
子项目
项目平台 BOINC 平台
项目类别 生命科学
项目状态 已结束
官方网址 POEM@HOME
项目文献 分类:POEM@HOME 相关文献
http://boinc.fzk.de/poem/rss_main.php 通过 RSS 获取项目新闻


POEM@HOME 实现了一个理解蛋白质不同方面结构的重要的方法,并把它提供给世界性的分布式计算 . POEM@HOME背后的科学方法是让 C. B. 安芬森获得1972年诺贝尔化学奖的热动力学假说的计算实现.

POEM@HOME是一个致力于提高我们对生物分子结构和功能认识的纯学术,非盈利项目. 所有的结果都会发布在国际同行评审期刊上,并有对POEM@HOME 志愿者的适当注明.


如何加入项目

该项目基于 BOINC 平台,简要的加入步骤如下(已完成的步骤可直接跳过):

  1. 下载并安装 BOINC 的客户端软件(官方下载页面程序下载
  2. 点击客户端简易视图下的“Add Project”按钮,或高级视图下菜单中的“工具->加入项目”,将显示向导对话框
  3. 点击下一步后在项目列表中找到并单击选中 POEM@HOME 项目(如未显示该项目,则在编辑框中输入项目网址:http://boinc.fzk.de/poem/ ),然后点击下一步
  4. 输入您可用的电子邮件地址,并设置您在该项目的登录密码(并非您的电子邮件密码)
  5. 再次点击下一步,如项目服务器工作正常(并且有适合自身操作系统的计算程序),即已成功加入项目

更详细的加入方法说明,请访问 BOINC 新手指南BOINC 使用教程

本站推荐您加入 Team China 团队,请访问项目官方网站的 团队检索页面,搜索(Search)并进入 Team China 的团队页面,点击页面中的 Join 并输入用户登录信息即可加入!

项目细节

本图显示了预测的(红色)和实验测得的(绿色)枯草芽孢杆菌主冷激蛋白结构. 这种蛋白质对实验室条件下的基因调控非常重要.

蛋白质 是所有已知细胞生命的纳米尺度机器. 令人震惊的是, 这些巨大的由多达100,000个原子组成的生物分子还折叠成了独特的三维形状来发挥它们的功能. 这些功能包括分子化学 (新陈代谢), 能量转换 (光能到化学能的光合作用) 和传输 (氧气运输), 脑内信号处理 (神经元), 免疫反应 以及其他众多方面, 而且通常有着任何人工过程无法企及的效率. 蛋白质功能失常往往与疾病相关,目前已经有数千种与疾病有关的蛋白质被鉴定出来,但很多还未确定结构. 为了理解,控制甚至是设计蛋白质我们需要研究蛋白质的结构, 而在实验上比获得一个特定蛋白质的化学成分 (蛋白质序列)更加困难。

通过加入本项目你将为以下研究计算:

  • 预测蛋白质的生物活性结构
  • 理解蛋白质相互交流的信号处理机理
  • 理解与蛋白质功能失常或蛋白质聚集相关的疾病
  • 在生物学上重要的蛋白质三维结构基础上开发新药物


POEM@HOME 实现了一个理解蛋白质不同方面结构的 重要方法, 并把它提供给世界性的分布式计算平台. POEM@HOME背后的科学方法是让 C. B. 安芬森 获得1972年诺贝尔化学奖的 热动力学假说的计算实现.

所以请帮助我们,加入POEM@HOME, 解决上述科学谜团,破解隐藏在蛋白质未知结构中的生物信息.

POEM@HOME是一个致力于提高我们对生物分子结构和功能认识的纯学术,非盈利项目. 所有的结果都会发布在国际同行评审期刊上,并有对POEM@HOME志愿者的适当注明.

关于得分

POEM@HOME一般来说在修改过app_info.xml或app_config.xml之后得分速度较快,重点是充分利用GPU,一般来说每128MB显存即可运行一个工作单元,需要手动修改。请参见 中低端显卡也能刷分——被人遗忘的POEM

相关链接

项目结束

亲爱的 POEM@HOME 社区,

首先,我们想要对我们的项目每个贡献者表达最深切地感谢。去年我们开发出一个GPU优化的SIMONA版本,被用作 POEM@HOME的一部分,不同程度地加速了计算。正因为计算加快了,我们很难再为我们的BOINC项目提供充足的工作(计算包)。

因此经过八年的运行,我们有这么多的计算力,我们不再需要你们慷慨的帮助来进行我们的科学研究。同时,其他较小和较大的项目比以往任何时候都需要更多的计算力。

GPU 加速的算法将会被开源,以便让其他小组可以自行地自由使用高效的力场(?forcefield) 来利用GPU集群 (这的时限会到圣诞节。代码已准备好发送,报告也写好了,但还需要进行评审)。

我们对上个月的抽风表示抱歉;我们本来可以为最后的一些任务准备更好的运行。


再次感谢大家的支持,我们希望您的贡献将从现在开始帮助其他的 BOINC 项目。我们要特别感谢 Vladimir Tankovich 在GPU代码上所做的贡献。

此致敬意,


POEM@HOME 团队

P.S.︰ 我们将会持续开放一段时间论坛和网站。我们将在大约两个月后逐渐清空队列和关闭服务器进程。

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