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Find-a-Drug 寻找新药物--安装说明(1.23版)

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发表于 2004-7-17 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
应vmzy的要求,翻译了官方网站上的安装部分说明,具体的使用方面的设置及使用过程中可能遇到的问题将在近期陆续的加进来,参考分布式计算QQ群上一些朋友的意见,将原英文也发出来,方便大家中英文对照,可能会有些错误,敬请批评指正!谢谢!

说明:2楼是翻译自官方网站,3楼系本人实战安装设置过程。基本完工!如有不足之处,待慢慢补正。

转载请注明出处!!!

以下均只针对1.23版客户端!但是1.24版和1.25版的安装设置和1.23版完全一致。

您也可以访问该项目的官方网站(请参见本帖第10楼文字)。
推荐 http://www.find-a-drug.net
官方论坛 http://forum.find-a-drug.org.uk
中文站点 http://fans.equn.com/vmzy/fad/index.html

推荐WIN版客户端下载地址  http://www.find-a-drug.co.uk/fadv123c.exe

第7楼已被我修改为Linux版本简单使用说明
Linux版本客户端下载地址 http://www.find-a-drug.co.uk/fadv123c.tgz

现在已有1.24版下载
WIN版下载地址: http://www.find-a-drug.org/fadv124g.exe
Linux版下载地址: http://www.find-a-drug.co.uk/fadv124g.tgz

现在已有1.25版下载
下载地址(windows):http://www.find-a-drug.net/fadv125g.exe
下载地址(linux):http://www.find-a-drug.net/fadv125g.tgz
更新内容:对内核做了小小的改动速度有小幅提升!


本项目已于2005年12月底宣告停止,请您选择参加其他的项目。
碧城仙 2006年2月 补充说明。

评分

参与人数 1维基拼图 +100 收起 理由
霊烏路 空 + 100

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 楼主| 发表于 2004-7-17 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
Find-a-Drug readme file for Microsoft Windows
Windows操作平台下的Find-a-Drug的说明

官方主页:http://www.find-a-drug.org/frame.html
下载地址 (1.5MB): http://www.find-a-drug.org/fadv123c.exe   

This version should run on any PC running Windows XP, NT, 2000, 98 or ME. It will run on Windows 95 but this is not supported and requires winsock.dll to be installed - see faq pages.
这版本运行在使用Windows XP,NT,2000,98或者me的PC机上。 如果在Windows 95上运行,必须支持并且已经安装winsock.dll - 请参看faq 页http://www.find-a-drug.org/faq.html

The file downloaded will have a name of form fadvnnnz.exe where nnn is a number and z is a letter. The files in this executable will self-extract when double clicked in the Windows File Explorer or the program executed in a command window. A series of dialogs are displayed which allow members to specify which folder the software is installed in etc.
下载的文件将是一个fadvnnnz.exe形式的名字(其中nnn是数字,z是一个字母)。 其中的安装程序能在Windows的资源管理器内双击运行或者在命令行窗口中执行。 随之出现的一系列的安装窗口,允许安装者选择安装路径。

1.Installation welcome window  
欢迎安装窗口


2.Select destination folder
选择安装路径


3.Select start Menu folder
选择开始菜单


4.Desktop icon configuration
填加桌面快捷方式


5.Installation confirmation
确认安装信息


6.Installation complete
安装完成(是否立即执行客户端)


After installation, the Find-a-Drug control panel or setup program is run. Members register by entering a Nickname and e-mail address. Advanced configuration options allow the country and team to be specified (see the setup help) as well as selecting the projects. Assuming this completes without generating an error message the server communication program starts and except in screen-save mode the computational application THINK begins. A job is then downloaded and processing starts. An icon is displayed in the system tray which allows easy access to sleep and snooze controls; the THINK application graphics and Job Queue server windows.
完成安装之后,Find-a-Drug的客户端程序就开始运转。 参与者需要通过输入一个昵称和电子邮箱地址完成注册。 高级选项设置允许你选择自己的国家和团队(可查看安装帮助)并选择计算研究的项目方向。 如果注册过程中服务器没有弹出错误信息,那么客户端服务程序将在后台启动,而程序将在你屏幕保护时开始运行。 然后就会有一个任务包被下载,然后开始计算处理该任务包。 系统托盘处将出现一个Find-a-Drug的图标方便管理客户端的图形界面和后台任务。

7.Accept licence agreement
接受许可证协议


8.Enter Nickname
输入昵称


9.Enter E-mail address
输入电子邮件地址


10.Advanced General configuration (optional)
高级选项设置(可选择)


11.Advanced Projects configuration (optional)
高级设置,选择你参加的项目(可选择)


12.Registration successful
注册成功


If you encounter an error e-mail support@find-a-drug.co.uk or visit our message board forums on the web-site. You may also find useful information on the web-site on the faq pages or the file description pages.
如果你发现错误,请写信至support@find-a-drug.co.uk或者访问我们的论坛。 你也可以参看faq(问题与回答)页面或者文件说明页面网站的有用信息。

论坛:http://forum.find-a-drug.org.uk/
问题与回答:http://www.find-a-drug.org/faq.html
文件说明: http://www.find-a-drug.org/files.html

[ Last edited by 碧城仙 on 2004-12-28 at 01:47 PM ]
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 楼主| 发表于 2004-7-17 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
(接第二楼)
当安装完毕(如第二楼的6),回马上跳出“接受许可证协议 ”点“Accept”后出现注册框,输入昵称,下一步,在输入电子邮件地址前,“Advanceed”选项是灰色的,当输入到“@”时,“Advanceed”选项变为黑色,把电子邮件地址填写完,点击“Advanceed”,进入高级设置选项。(如下图)


然后出现四个选项卡。
分别是“Member Details”、“Projects”、“General”和“Opinions”。(如下图)


“Member Details”即显示出你刚才填的注册用昵称和邮箱地址,昵称请至少用4个字母,页面上的提示“Results for members with the same Nickname and e-mail address are merged on the web pages. You will be e-mailed quarterly newsletters and at your opinion messages from your team captain.”意思是“你的注册用昵称和电子邮箱地址将在官方统计网页上出现。 你将获得官方的季度通讯并收到来自你所在小组组长的信件。”

“Projects”供你选择你有兴趣加入计算的分类项目。(如下图)
项目有:疟疾、呼吸疾病、癌症、艾滋病、蛋白质组、生化恐怖解毒剂、多发性硬化症等等。
推荐参加项目:癌症(Cancer)和艾滋病(HIV)


“General”个性化设置。
依次是:
1.设置你的国家--“Country”,请选择“China”。
2.同一台机器同时计算的WU个数--“Number of copies of THINK”,最多可以选16个,选择“Auto”自动选择较好。
3.图形界面的显示模式--“THINK Graphics”,有窗口模式“Windows”,屏幕保护模式“Screensaver”,后台运行模式“Hidden”和禁止显示模式“Stopped”四种供选择,推荐窗口模式或隐藏模式。
4.任务系统服务窗口--“Job Queue Server”,有隐藏模式“Hidden”,窗口模式“Windows”和禁止模式“Stopped”三种模式供选择,推荐窗口模式或隐藏模式。
5.连接到因特网的时间间隔--“Internet Connection Plan”,请选择您的时间间隔。
6.小组序号--“Team Number” ,请填入 2156
中国小组名称: FAD@China  
中国小组序号: 2156
欢迎加入FAD中国小组
(如下图)


“Opinions”其他设置。
1.设置主程序“休息打盹”的间隔时间,snooze time (minutes),默认为0.5分钟。
2.是否在任务栏上显示系统图标。
3.是否在连接到因特网时清理过时的任务包结果。
4.是否使用OpenGL的图形显示。
5.是否愿意接收小组组长发来的邮件。
6.是否显示客户端程序的版本。
7.是否显示处理器的信息。
(如下图)


以上全部设置好后,界面下部是“Register”注册、“Off-line”断开连接、“Uninstall”卸载、“Help”帮助、“Quit”退出。
请选择“Register”注册,然后在屏幕正中回出现提示框,感谢您的注册,现在可以退出安装了。(如下图)


以后若要修改设置,请在安装目录下运行“fadsetup.exe”即可。

现在在屏幕左上角会出现了客户端运行界面。然后请等待一段时间让客户端自己下载任务包,下载完毕后可以看到精美的蛋白质分子结构图。
下面是窗口界面和服务界面的欣赏:(如下图)

你将看到任务包的计算速度比其他的项目要来的快,并且出成果也比其他项目要快得多!!!
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 楼主| 发表于 2004-7-17 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
经过本人反复的测试研究,作几点说明:

1.程序安装路径支持长文件名,支持中文。这点设计比FAAH要好。

2.计算结果的保存就象Seti@home一样,是关的时候计算到那里,下次开就从上次关的地方开始算。(程序内含了类似于setihide的缓存功能。)

3.运行程序时最好是运行“think.lgo”。
如果运行“fadsetup.exe”也可,它既可以用来更改设置,又能缩到系统托盘里做进度指示,在系统托盘的图标上点右键可查看现在所算任务包的详情(“Job Info”选项),还能实时更改设置(“setup”选项),使图形界面“think.exe”(主程序,显示蛋白质结构用的)(“Graphics”选项)和任务系统服务程序“server.exe”隐藏或出现(“Queue”选项)。
如果运行“think.exe”也可,但是可能会出错!

4.任务系统服务窗口--“Job Queue Server”,其对应程序为“server.exe”,它的功能和Seti@home的辅助软件Setihide的功能非常的相似,最显著的是能设置批量上传下载。

5.运算时间短,最小的任务包30分钟就能算完,难怪要设置连到因特网的间隔时间,不过对于非一直联网的用户,可先批量下载任务包,下载数目上限为1000。运行“server.exe”,菜单上有“Receive”,点击出现对话框,询问你要下载的任务包类型和数目。

6.缺点总会有的,运行“fadsetup.exe”设置程序时,机器会明显的卡,长时间之后才响应。

7.比Seti@home和FAAH都要好的地方,它在你注册后自动发邮件给你,感谢你的注册,并说明论坛地址,论坛用户名即为你注册用昵称,密码在该邮件中。它允许你更改密码。

8.将鼠标移到图形界面“think.exe”(主程序,显示蛋白质结构用的)上,会出现十字形,点右键,出现菜单,可选择五种蛋白质结构显示方式,比Folding@home的要好,Folding@home才两种。

9.运行“fadsetup.exe”设置程序时,在“Projects”里供你选择你有兴趣加入计算的分类项目(全是医药方面的),这点与BOINC相类似,像是一个分布式平台。(目前“Projects”里有10多个研究项目。)

10.ud采用的还是1.03版的think,最新的think版本相比较提供了5到40倍的运行效率增加,fad还采用了分布式服务器,wu的上传下载相对ud要快得多且稳定,此外还有内含了类似于setihide的缓存功能等等。

11.下载和上传任务包的速度出奇的快!因为fad采用了分布式文件存储系统。

12.申请小组的规则较其他项目来说要正式得多,需要创建人E-mail至负责人,说明创建原因及目的和其他相关情况,在负责人审核通过后,还需上传一定数目的结果,然后才能正式成立。
中国小组名称: FAD@China  
中国小组序号: 2156
欢迎加入FAD中国小组
请在安装目录下运行“fadsetup.exe”
选择“General”个性化设置项,第一个是设置你的国家--“Country”,请选择“China”。第六个是小组序号--“Team Number” ,请填入 2156,保存设置后,即可加入“中国小组: FAD@China  ”,以下是示例图:

查看国家或地区统计
http://stats.findadrug.org.uk/countries1.php
查看中国详情  
http://stats.findadrug.org.uk/st ... mp;amp;Order=GFlops
查看小组统计
http://stats.findadrug.org.uk/teams1.php
查看FAD@China小组详情
http://stats.findadrug.org.uk/st ... mp;amp;Order=GFlops

[ Last edited by 碧城仙 on 2004-12-22 at 09:45 AM ]
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发表于 2004-7-20 00:00:00 | 显示全部楼层
其研究成果是怎么处理?
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发表于 2004-7-22 00:00:00 | 显示全部楼层
官方主页我今天一天都没上去过
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 楼主| 发表于 2004-7-22 00:00:00 | 显示全部楼层
Linux版本客户端下载地址
http://www.find-a-drug.co.uk/fadv123c.tgz

以下是转自官方网站的使用说明(详见http://www.find-a-drug.net/readme-linux.html )

Find-a-Drug readme file for Linux
This version was built under Red Hat Linux 8.0 and should run on any PC running Linux with version 2.2.10 of the kernel (or later) and libc version 2.1.1 (or later). This following versions of Linux (and later releases) are expected to be able to run THINK

Red Hat Linux 7.1
Slackware 8.0
Debian GNU Linux 2.2r3
SuSE version 7.2
Mandrake 8.0
Caldera Open Linux 2.4
The downloaded file will have a name of the form fadvnnnz.tgz where nnn is a number and z is a letter. This file is zipped tar file and should be extracted into an empty directory using the command substituting nnnz for the actual number and letter eg

(以下提到的命令,请注意“空格符”和“西文字符下的引号”)关于各设置项的具体说明,请参看本帖内WIN版教程
解压安装请执行   tar -xzvf fadv123c.tgz

The file description pages provides information about the files.

To register type

注册请执行 ./fadsetup -nickname "name" -email "email"  
其中引号内的name用您的昵称替换,email用您的注册邮箱替换

where "name" is replaced by the name you wish to be known by on the find-a-drug website stats and "email" is your e-mail address (double quotes are only necessary if the name contains spaces). Assuming this completes without generating an error message you are now ready to proceed. If you encounter an error e-mail support@find-a-drug.co.uk or visit our message board forums on the web-site. You may also find useful information on the web-site eg the faq pages.

If a parameter contains spaces then it is necessary to enclose it within double quotes

设置您的国家请执行  ./fadsetup -country "China"  

You can list the other configuration options available using

查看其他高级设置选项命令请执行  ./fadsetup -help
欢迎加入中国小组,小组序号"2156",由于本人是WIN系统,不太清楚具体的命令,所以请通过  ./fadsetup -help 查看,据我猜测,可能是   ./fadsetup -team number "2156"  或者是   ./fadsetup -team "2156" ,有安装过的朋友,麻烦回帖指出,不胜感激!

You now need to start the Job Queue Server

打开服务端程序请执行  ./server -auto &  

and the THINK computational application

打开主程序请执行   ./think &


You may wish to edit some files so that these start automatically when you boot the PC or when you login eg /etc/bashrc. Start think and server in the find-a-drug directory.


Known problems
The -connect option for fadsetup to specify connection interval requires a text string argument which should be enclosed in double quotes when it contains spaces eg -connect "Selecting all jobs". The option to specify the connection interval as a number of hours eg -connect 24 does not work.
Sharing the installation between Linux and Windows is not currently supported.
[此贴子已经被作者于2004-11-11 21:36:04编辑过]

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 楼主| 发表于 2004-7-30 00:00:00 | 显示全部楼层
官方主页仍然上不去,但是数据包的接受上传很正常,本帖内的图片我都重新换地方上传过了,原来的相册看样子近期无法恢复了,另外在第一贴内加入了项目客户端的下载。中国小组正在申请中,估计近期就能正式成立了,期待中...........


[此贴子已经被作者于2004-7-30 0:18:44编辑过]

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发表于 2004-7-30 00:00:00 | 显示全部楼层
其研究成果是怎么处理?
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发表于 2004-7-30 00:00:00 | 显示全部楼层
官方站点有五个左右!
一、
http://www.find-a-drug.net
最快的镜像站点,和主站绝对同步

推荐使用!
二、
http://www.find-a-drug.co.uk
这个是真正的官方站点!负责人一般都在这里!统计页面也在这里!
是最稳定的,我一直都可以上!其它的经常上不了!但速度很慢,经常没响应!

适合发烧友来耍,一般会有第一手资料出现!
三、
http://www.find-a-drug.com
一个镜像站点,速度还可以,但很久没和主战同步了(四月的),没太大用处,不过可以连上耍一下!

不推荐使用!
四、
http://www.find-a-drug.org
传说中的官方站点,去年打开过2次,今年只打开过一次!

不推荐使用!
五、
http://www.find-a-drug.org.uk
只有论坛,没有主页镜像!

不用试了,打不开主页的!

[ Last edited by 碧城仙 on 2004-12-22 at 09:45 AM ]
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 楼主| 发表于 2004-7-31 00:00:00 | 显示全部楼层
关于成果问题:
以下是引用vmzy在2004-7-30 22:13:07的发言:
FAD官方说,FAD是Treweren Consultants开发的“分布式项目”。

结果送到大学实验室和一家第三方制药公司负责检测。结果公开,不过要使用必须交专利使用费!

现在FAD是由Treweren Consultants自负盈亏!虽然有少量的捐款,但入不敷出,所以Treweren Consultants说,结果的版权收入,用于维护项目成本!
专利权和多余的版权费,将捐给慈善机构!(官方的FAQ页面上有说明)

P.S.Treweren Consultants强人+好人!佩服到死!!!跪服!!!
居然自负盈亏开这么大一个项目!每年最少也要几十万美元支出(服务器维护--6台+买蛋白质数据--他们算的蛋白质大部分是从商业数据库里买来的),如果他做不出结果,那岂不是很惨???不过还好,他结果出的又多又快!!

http://www.treweren.com/
官方站可以去看看!



[此贴子已经被作者于2004-7-31 11:43:20编辑过]

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 楼主| 发表于 2004-8-7 00:00:00 | 显示全部楼层
为方便使用Linux的同好,目前已在第7楼添加了Linux版本的简单使用说明和Linux版本客户端下载地址。欢迎您来与我们分享您的使用心得并提出宝贵的修改意见,谢谢!

关于中国小组及其统计排名请关注本版内帖子“好消息!FAD@China小组正式成立!”
http://www.equn.com/forum/viewthread.php?tid=2827

[ Last edited by 碧城仙 on 2004-12-22 at 09:49 AM ]
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发表于 2004-8-13 00:00:00 | 显示全部楼层
我在做FAD时,怎么不能保存分析结果,每次重启都会从头计算呢?
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 楼主| 发表于 2004-8-13 00:00:00 | 显示全部楼层
不会的,程序内含了类似于setihide的缓存功能,是关的时候计算到那里,下次开就从上次关的地方开始算。因为该项目计算出结果的速度较快,估计是前一个任务包已经计算完毕,而你设置的联网间隔时间可能不是“一直连接”,那么可能在间隔时间内没有下载过任务包,建议运行“server.exe”,菜单上有“Receive”,点击出现对话框,询问你要下载的任务包类型和数目,你先下一些到硬盘上。

还要问问你,你隔多长时间重启电脑的?你的用户名是什么,我到官方统计页上查查看,看有没有上传过结果。
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 楼主| 发表于 2004-8-13 00:00:00 | 显示全部楼层
在安装目录下有 server.log 文件,能够查看任务包的完成情况;有 loader.log 文件,能够查看从服务器上下载任务包的情况;有好几个 think.log 文件(例如think.log,think[1].log,think[2].log,think[3].log等等),能够查看主程序运行日志。
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