Find-a-Drug:常见问题解答

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Find-a-Drug:常见问题解答

我们已经把 FAQ 分类,我们希望根据你的反馈扩充这个列表。你可能会发现论坛是一个找到你的问题的答案的好地方。

目录

Find-a-Drug的结束

Find-a-Drug什么时候结束?

所有的项目将于2005年12月16日结束。

我们对成员所做的贡献非常感谢,而且我们将会继续与我们的合作者合作。

软件会自动卸载吗 ?

我们将使用自动卸载程序。

Find-a-Drug为什么要结束?

我们已经处理的对象已经远超过最初我们计划的250个。我们也已经把主要的子项目针对大部份的公开蛋白质目标进行了计算。在实验室里我们已经获得了实验数据来确定目标的生物活性,结果坏得超出我们的想像。

我们已经得出结论,2006年没有足够的有用的蛋白质对象,故已经决定在2005年12月16日关闭项目。接下来的几周我们将会继续发布一些新的对象,但是在项目结束后的接不再接受任何结果。

项目结束后论坛还开吗?

我们没理由在12月16日把它关闭,但它可能只继续开几周。

是财政原因导致Find-a-Drug关闭吗?

不是。

你们为什么不用现有对象针对更多的分子进行计算?

我们至少已经筛选了(4千万)个分子,通常一家典型的大医药公司只筛选4百万的分子。如果没有必要,我们不会增加筛选的分子数目。

结果怎么处理?

我们加继续和现在的合作伙伴合作,并寻求更多的合作者。

今后我如何得知项目进展情况?

有消息我们会发布新闻。重要的公告,我们会发布在 Distributing Computing 新闻站。

对等计算

什么是对等计算?

即分布式计算,对等计算利用计算机网络的计算力执行一些计算。对于Find-a-Drug和类似的因特网项目来说,计算程序在后台或做为屏幕保护程序运行,他们不影响计算机的正常使用。

所有项目都适应对等计算吗?

不。项目必须被分成许多独立的计算单位,分配到用户计算机并将结果返回服务器。

对于这样的项目其它哪些方面是最重要的?

实际限制与分配的数据量和服务器连接频度有关。它们分别影响算法的选择和服务器能支持的用户总数。

Find-a-Drug使用多少服务器?

不同于别的类似的项目,我们目前正在使用6台不同的服务器,当用户数量增长时,会增加其数目。它可以避免访问冲突,减少网络或服务器连接失败故障。

我从哪里能更详细地了解分布式计算?

两个相关网站是 Internet-based Distributed Computing Projects (基于因特网的分布式计算)和 Intel Philanthropic peer-to-peer program (Intel慈善对等计划),两者都提供关于其他项目的信息。

设置和安装问题

我已经下载并设置了THINK,但是我的屏幕保护程序还是以前的!

用户必须手工设置THINK作为他们的屏幕保护程序。从设置菜单(对大多数Windows版本来说)打开控制面板并在控制面板里点击Display工具。点击选中Screen Saver标签并从屏幕保护程序列表选择THINK。如果你愿意,在点击应用按钮前,你可以调整延迟。

我能在后台运行THINK吗?

可以使用系统托盘内THINK图标的可见控制,或在Find-a-Drug控制面板(fadetup.exe)内做永久改变。

我能调整THINK的优先权吗?

THINK计算线程在低优先级运行。你可以把环境变量THINK_PRIORITY设置为下列值之一。

名称 优先权
IDLE:IDLE 1
IDLE:LOWEST 2
IDLE:BELOW_NORMAL 3
IDLE:NORMAL 4
IDLE:ABOVE_NORMAL 5
IDLE:HIGHEST 6
LOW:IDLE 6
LOW:LOWEST 7
LOW:BELOW_NORMAL 8
LOW:NORMAL 9
LOW:ABOVE_NORMAL 10
LOW:HIGHEST 11
BELOW_NORMAL:IDLE 11
BELOW_NORMAL:LOWEST 12
BELOW_NORMAL:BELOW_NORMAL 13
BELOW_NORMAL:NORMAL 14
BELOW_NORMAL:ABOVE_NORMAL 15
BELOW_NORMAL:HIGHEST 16
NORMAL:IDLE 16
NORMAL:LOWEST 17
NORMAL:BELOW_NORMAL 18
NORMAL:NORMAL 19
NORMAL:ABOVE_NORMAL 20
NORMAL:HIGHEST 21

低优先权进程屈服于高优先权进程。名称用于Microsoft windows进程类和进程优先权,数字用于Linux优先权设置系统程序。

用户能使用象记事本那样的文本编辑器(不是WORD)编辑think.env,通过插入如同THINK_PRIORITY=IDLE:NORMAL 行设置环境变量

我能把最小化按钮功能默认为隐藏窗口吗?

你能通过使用一个象记事本那样的文本编辑器在think.env中加入THINK_MINIMIZE=OFF重新配置它。

我的显卡驱动有问题。我能禁用OpenGL图形吗?

能。在Find-a-Drug控制面板内的Options里。如果OpenGL问题导致THINK在启动时崩溃,它会自动禁用OPENGL。

我怎样才能中止当今THINK任务?

使用THINK窗口的view菜单或系统托盘内的THINK图标打开queue作业队列管理器。在当前任务上点击右键,然后再点击cancel。如果你禁用THINK(使用Find-a-Drug控制面板)或只是停止THINK,那么当THINK重新启动时将继续那个任务。

我怎样才能暂停当今THINK任务?

系统托盘里的THINK图标有Snooze按钮。THINK会在15分钟后自动重新开始。

我能挂起当今THINK任务直到我恢复它吗?

系统托盘里的THINK图标有Sleep按钮。直到你点击resume,THINK才会重新启动。

Find-a-Drug控制面板中的disable按钮有什么用?

它给THINK送消息让THINK停止。THINK只能通过按下Enable按钮才能重新开始。

我的PC上有多个账户但是THINK只能在其中的一个上运行

你需要依次登录把THINK做为屏幕保护程序运行。每个账户需要使用控制面板里的显示工具把THINK设置为屏幕保护程序。另外,为了连接服务器需要运行Server程序。如果安装THINK的账户对All Users开始文件夹有写权限,那么全部用户都可以自动运行SERVER;随意启动THINK。否则这些程序只会在安装他们的账户上自动启动。Find- a-Drug控制面板把think.lgo放进对应的开始文件夹,并把lgo文件类型被注册为loader程序启动。

国家信息有什么用?

它做为统计分析和选择合适镜像下载站点的基础。

我的国家没有列出。为什么?

加入列表的标准或多或少与国家的人口,可用PC的数量和参与的积极性有关。当然也可能有一些遗漏。如果你把你的注册号和密码发送电子邮件至countries@find-a-drug.co.uk,他们将添加你的国家。

当下载一个替换版本时,它不能写server.exe

这或许因为server已经在运行。你必须在下载(会自动下载)新版本之前手工关闭server和think。

统计

什么是统计?

统计资料中成员贡献按团队和国家分类、分析。我们在项目统计资料页面里汇报项目的进度。这个页面分析每个目标已完成的任务,相应的分子数量,hits和消耗的时间。

什么是小组?

小组由许多成员组成,他们的分子数量和命中统计在一起。点击这里有更多关于计算的统计报告和现有小组的信息。

我怎样才能成立自己的小组?

每个小组必须有一个网站,一位队长和一个名称。你需要把这些信息以电子邮件形式发送至teams@find-a-drug.co.uk,他会给你分配一个队ID。如果你的网站只有一个的简单页面和几张图片,可以转放在我们的服务器上。或者,你也可以放在几个其他的免费网站上(如www.freeserve.com)。你也可以提供一个显示在你的小组统计资料页面上的队标。

评价成员贡献的最佳标准是什么?

每个任务所花费时间不同,有时候计算的分子数量也大不相同。通常命中数高的任务比命中数低的任务要更耗时间。Points或GFlops通常是一个好标准。

什么是GFLOPS?

GFLOPS是处理性能标准。是Giga Floating point OPerationS(兆浮点运算)的缩写。它替代我们的积分系统,一个更抽象的性能标准。对一个普通的CPU(1.2GHz)来说大约800GFLOPS/CPU小时。(每个积分约等于8 GFLOPS)。



安全和隐私

采取什么预防措施保证从我的PC发出的信息的安全?

所有上传到Find-a-Drug服务器的信息都加密了,而且在数据安全存储隔离之前不会解密。

Find-a-Drug软件会把病毒或木马传到我的计算机上吗?

除非Treweren咨询公司的计算机或Find-a-Drug的服务器被黑才有可能这样。我们采取了预防措施防止它发生,并且我们建议用户打开病毒监控软件。另外,下载文件会被定期替换以避免任何可能的感染。

我计算机里的Find-a-Drug都上传什么信息?

送到我们的服务器的信息是计算结果,时间和你在Find-a-Drug控制面板内输入的设置信息。你可以在Find-a-Drug控制面板内运行或禁止上传你的处理器类型和操作系统版本。我们不检查精确的处理器速度,国家,电子邮箱地址等信息。

如果我提供了无效或错误的电子邮箱地址会如何?

电子邮箱地址用来发送季度通讯,如果你参加了β项目还有关于项目开发的信息。如果你参加了一个小组,你可以选择接受组长发来的电子邮件。如果你的电子邮箱地址无效,我们就没法与你联络。

还有谁能接触到我所提供的信息?

Find-a-Drug控制面板内输入信息在发到Find-a-Drug服务器之前都处于加密状态,而且只在不能被外部访问的Treweren咨询公司的计算机上才会被解密。信息不会透露给别人。

硬件问题

我有一个PC的局域网。我能不在每台机子上安装就让他们都可以运行软件吗?

能。在你想要连接因特网的PC主机上安装Find-a-Drug。共享安装软件的文件夹并打开写权限。比方说主机名为PC121,使用默认文件夹名称(Find-a-Drug),软件能使用\\PC121\find-a-drug\fadsetup.exe命令对每台网络PC进行设置。

我能使用共享网络驱动而不是共享文件夹运行吗?

1.21a以及随后的版本都支持。重要的是,联网的PC必需要有写权限,但他们不必全部使用相同映射驱动器号。

THINK能在多CPU PC上运行吗?

如果你有一个台多处理器的PC机,THINK会自动设置,除非你在Find-a-Drug控制面板内的Options里限制副本的数量。

强行运行多个THINK,会导致出错。

我能在Windows 95下运行THINK吗?

目前不支持Windows 95下的安装,但是一些用户仍在Windows 95下运行。如果你了解WINSOCK并且安装了它(大多数分布式计算项目都需要它),那么软件应该可以运行。

运行THINK的最小系统要求是什么?

一台有至少64MB内存,10MB空闲磁盘空间和一个因特网连接(例如拨号)的PC机。

THINK使用的磁盘空间的数量会增加吗?

是的。THINK把下载的蛋白质文件(*.pdb)存在机子上以避免重复下载。经常使用的分子文件(m*.smi)放在在cache子文件夹中。如果不出意外的话,结果文件在上传后会自动删除。

我能在Linux下运行THINK吗?

可以。但只能使用命令行界面。暂时还未实现图形界面。

我能在Macintosh上运行THINK吗?

目前不能。

联网问题

最常见的联网问题是什么?

  • 防火墙设置禁止fadsetup和server访问因特网
  • 离线用户的IE设置
  • 代理设置问题

Find-a-Drug控制面板(FADSETUP)和THINK支持防火墙吗?

应该支持吧。Find-a-Drug控制面板(FADSETUP)和任务队列管理器(SERVER)使用HTTP协议与Find-a-Drug服务器联系。你可能需要修改你的防火墙设置允许这些程序能够发送、接收数据至http.lis和cgi.lis列表文件中的服务器。

屏幕保护程序报告THINK空闲或者只显示博士帽。

这表明需要从Find-a-Drug服务器下载更多的任务,通常软件第一次下载最多要2分钟。

尽管空闲,也不连接Find-a-Drug服务器

检查一下server进程是否在工作。如果没有,注销、重登录后再检查一次。如果还是那样,检查一下启动文件夹里有没有think. lgo文件,再检查一下.lgo文件类型是不是注册给THINK启动程序(点击Windows资源管理器-工具菜单-文件夹选项-文件类型)。

server进程在运行并试图连接服务器,但是THINK依然空闲

如果你参加的项目没有任务,就会如此。server.log内有详细信息。

任务队列管理器为什么返回错误信息"(10522) Connection failed"?

当在注册或在任务队列管理器第一次试图下载任务时,出现这种错误,通常是因为防火墙设置阻止FADsetup. exe/server.exe访问Find-a-Drug因特网服务器。显而易见,如果你以后再改变防火墙设置,这个问题还会重新出现。服务器的URL列表在http.lis和cgi.lis里。

我们也已经发现有时Windows会记住无效服务器,然后在不重试的情况下就给出出错信息!这中情形下请重新拨号,重新运行任务队列管理器或者重新启动计算机。

目前支持通过代理服务器连接吗?

在windows下软件自动使用IE储存的代理设置。

在Linux下你需要在think.env文件中插入如下环境变量。
THINK_PROXY_HOST=代理服务器地址
THINK_PROXY_PORT=端口号
THINK_PROXY_USER=用户名
THINK_PROXY_PASSWORD=密码
默认端口是8080,如果没有指定用户名和密码就不填(保持空白)。

THINK多久连接一次因特网?

你能在Find-a-Drug控制面板内选择计划连接频率。如果THINK完成全部存储的任务后没有来自完成的蛋白质目标的可用分子文件,会自动连接互联网,除非你选择的是"When On-line"。如果你想手工下载任务和上传结果请选择"None"。

THINK完成一个任务需要多久?

这取决于你的计算机和它处理每批对象分子的速度。大多数任务用普通的PC要花费几个小时。项目统计资料页面提供每个蛋白质目标的花费时间,命中数量,冗余度等分析。

我能禁用自动拨号连接因特网吗?

可以,使用Find-a-Drug控制面板(fadsetup.exe)并设置计划连接为"After Confirmation"。你也可以通过在计划连接下使用"When on-line"选项,让软件只在拨号时上传结果,下载新任务。

我已经打开自动拨号功能,但是不断出现连接会话

这是Windows默认连接,除非你的ISP已经更换。Windows(对大多数版本来说)默认;就包含一个"自动连结"选项,但是对ISP连接而言,这经常作为一个隐藏的附属会话。如果你不能从连接会话里找到它,试试其他的拨号连接。

我的PC在连接Find-a-Drug服务器之后不自动断开

正常的Windows连接包括一个"空闲断开"选项。它的选项包括"低通信"断开和"零通信"断开。这是可选的,因为有些软件有防掉线功能。据说AOL连接不包括自动拨号功能!

我在退出Outlook Express时会自动断线,提前终止Find-a-Drug的下载了

在Outlook Express的选项里有一个选择(工具|选项|连接),在发送和接收完电子邮件后自动断线。禁用这个选择!

一次传输多少数据?

不太好说。最小的下载量是大约5Kbytes,但是当下载一个新蛋白质目标时,大约需要传输50Kbytes。与大多数分布式计算项目相比这些数量很小,通常1分钟内就可以传完。

项目

你们如何选择项目?

一个项目最重要的方面是对社会有价值,确信有科学的可行性。

谁为Find-a-Drug提供资金?

目前,Find-a-Drug由Treweren咨询公司(THINK软件的开发者)提供资金。将来,我们希望合伙人的投资和版税能支付一些研究费用。

谁是项目受益者?

ind-a-Drug是一个非盈利机构。这表明全部纯收入(包括所有成果药物的销售的所有版税)将会用于研究。

谁控制结果?

当有外部合伙人时,合伙人负责决定制造和测试哪些分子。

我能选择参加或退出子项目吗?

可以,请运行Find-a-Drug控制面板(fadsetup.exe)并更改选择。你不可以不参加算法项目,你的第一个蛋白质对象来自这个分类。

我能从哪里了解项目的详细资料?

点击这里转到项目页面。

科学

软件做什么?

Find-a-Drug软件从服务器下载的每个任务包含一个蛋白质目标和100个分子组。当你的PC闲置时,它把每个分子分为大约100个衍生物总共产生10,100个子分子。然后软件生成每个分子的全部可能的形状或构型,并确定它是否能与蛋白质目标的受体顺利的相互作用。

我在屏幕上能看见什么?

THINK显示的是当前处理的分子的构型和任务的计算进度。快的PC会同时下载几个任务,所以"完成百分比"将上升到100然后又从0开始而不用连接因特网。

有色的线代表什么?

每条线表示两个原子之间的化学键,根据键的两端的元素染色。一般的染色规律是:蓝色代表氮,红色代表氧,黄色代表硫,青色代表碳。

博士帽代表什么意义?

这是THINK的标识,当THINK没有给一个分子产生构型的时候显示 - THINK可能在产生衍生物或是在等待数据。

一个分子有多少conformers(构型)?

约有10~数百万个潜在的形状。但是,软件会把相似的构型分到一组,这样当计算过程转到一种形状时,如果第一个conformer被否定,则这一组都会被否定。

什么是hit?

表明这个分子可能与蛋白质受体可以相互作用或结合。

你们怎样分辨好的hit和不好的hit?

hit为预测分值低于0的那些预言可以与蛋白质受体结合的分子。好的抑制剂一般得-50分以下,那些得分超过-25的分子,结合能力很弱。

在每个任务里有多少分子?

这与蛋白质目标有关,但是通常每个任务有10,100个分子 - 从服务器下载100个分子,每个分子产生100个衍生物后才计算。

分子来自哪儿?

他们收集自公用域目录和化合物分子库,可以很方便的买到或人工合成。

===用于Find-a-Drug项目的THINK与用于United Devices的THINK有什么差别?===我们使用的是最新版的THINK本质上快(部分由于Intel提供的帮助),同时精炼所有hit。这明显降低了命中比率,因为只有最好的hit被返回服务器。实际上,这有做的好处:因特网数据通信量显著降低。

我能在哪儿找到更多关于THINK的信息?=

THINK 由 Treweren 咨询公司开发和维护

成果

谁拥有成果的IPR?

在许可证协议里用户放弃所有在结果方面知识产权(IPR)。计算的预测结果由与Find-a-Drug合作的院校或者小制药公司确认。Find-a-Drug转让或出售那些IPR会得到一些钱。这些钱可能来自于最终成品或者出售的版税。

谁为这项工程提供资金?

Find-a-Drug的运行费用现在由Treweren咨询公司支付。但这与结果的所有权或者开发权无关。

利润如何处理?

Find-a-Drug负责人会把所有利润用于研究。因为项目的维护费用(包含所有的版税)较低。

Find-a-Drug是一个慈善机构吗?

我们想应该是的,这个数月前已得到证实。作为一个慈善机构将有一定的有利税金。

什么时候确实发现一种药期望产生一些收入?

我们期望在2005年间参加一些合作协议,把某些蛋白质目标的成果的IPR抵押为资金。此后Find-a-Drug将自筹资金。

成果会出版还是放入公用域?

一旦试验证实有效,按照惯例会颁发活性分子专利。我们会把一些结果放入公用域,同时也会保护知识产权。

公益项目成果如何处理?

公益项目(如生化恐怖主义解毒药项目)的成果会免费供给合法的院校和政府实验室。

院校能免费得到结果吗?

我们愿意为院校提供某些蛋白质目标的部分结果和建议。