D2OL:常见问题解答

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在下面,你可以找到关于(D2OL)的最常见问题的答案。如果你找不到你所需的信息,请给我们的web站点管理员发送电子邮件。

我们的论坛里有技术FAQ。在那里,我们的精力充沛的社区成员在详细的讨论很多平台问题和相关的设置。

(D2OL)™做些什么?

简而言之,(D2OL)™测试用于疾病传播研究的候选药物与目标分子的相互作用能力。通过往一个大的目标分子表面粘合一个小的候选药物分子并评测其能量释放状况,(D2OL)™确定特定的候选药物与目标结构的活性区域的结合程度。这个过程被称为对目标的候选药物进行评测。

什么是目标(Target)?

目标分子是已发现的在生物体内对一种疾病的发展起关键作用的大蛋白质或者酶。有时目标是破坏感染细胞的致命成分,很象毒液或者毒药。有时它是一种在疾病传播中起至关重要作用的分子。通过使目标无效,医药制品消除疾病对生物体的影响或者控制疾病的发展。

什么是候选药物(Candidate)?

候选药物是一个小的,容易得到的分子,在生物体内当它与目标结合时可以对目标结构的性状产生影响。候选药物和目标结合得好,说明它有高亲和力。这通常表明对目标的性状有影响,但是它只能在实验室的试管内验证。虚拟药物筛选允许我们通过分级缩小在实验室内测试的潜在候选药物的范围,为开发有效治疗疾病的药物节省时间和金钱。

什么是构型(Conformer)?

conformer是一个特定的候选药物结构的3维构造。药物分子的接合处可扭转,可能朝向不同的方向,这就产生了数百万个有相同的原子组成,但有不同的空间构型的派生结构。这些结构被称为Conformers。

评测(Docking)的工作原理?

对一个目标的一个候选药物进行Docking,基本上象测试一把锁的一把钥匙是否合适。在目标上的活性区域是锁,而候选药物是这把钥匙。当两个结构被放置在一起时结合能量会被模拟出来。得分越低代表候选药物"越好",即可能用于进一步的生物实体内的候选药物对疾病的影响的测试研究。

为什么评测一个候选药物要那么长的时间?

实际上完成一次评测非常快,但是我们需要在大目标分子的活性区域上测试候选药物的不同的构造。通过定向和缠绕小分子的接合点,实际上,在我们确定哪个结构会产生最低的评测能量之前,我们创建数百万个需要被评测的候选药物的3维的构造(Conformers)。因此,整个彻底的过程可能花费几小时/候选药物。

(D2OL)™界面上的Total Generations indicator(总生成指示)是什么意思?

(D2OL)™使用一种遗传算法优化评测过程。照此,候选药物的接合点的方向变化,将产生不同类的候选药物以确定最低的评测能量状态。

什么是一个Conformer的最终评测能量?

最终评测能量值表示候选药物结构和目标的结合所发出的能量。得分越低越好。包括负值。

我能选择目标分子吗?

不能,目标按照能最有效地完成评测创建任务来组织。系统目前不允许选择目标。

什么是work unit?

一个work unit是对应一个大分子(目标)的一系列待评测结合能的候选药物小分子。根据(D2OL)™ 所研究的目标将运行15~30次运算,每一次完成对候选药物的500,000多次能量评测。

P3/1Ghz处理器完成一个普通的WU要多久?

如果你关闭GUI,P3/1Ghz的计算机完成一个工作单位(评测任务)大约需要2个小时。如果你打开GUI并显示渲染分子,那么将需要大约3个小时。

(D2OL)™如何使用我的Internet连接?

(D2OL)™只有在从我们服务器那里下载测试候选药物结构,或在它成功完成工作单位之后上传结果时,才使用你的因特网连接。因为候选药物结构非常小——约1kb~2kb,带宽需求很小。

使用(D2OL)™时我需要保持在线吗?

不必,每当(D2OL)™连接我们的服务器时,它将下载够运算大约12-24个小时的工作。另外,结果会暂存,直到你的计算机建立一个因特网连接,然后会向服务器上传,所以如果你关闭你的计算机或者断开因特网,没有结果会丢失。

我怎样知道(D2OL)™什么时候完成了一个候选药物?

当(D2OL)完成了一个候选药物的工作时,最佳conformers的排行榜将被清除,并将显示一个新的候选药物。

(D2OL)™对平台有什么要求?

平台要求详见下载指南页面

我在哪儿能找到项目统计?

你能通过点击主菜单的统计按钮或点击这里找到,已找到的每个目标的最佳结构,已评测候选药物总数,和单个节点对工程的贡献,等等。另外我们还有小组统计。

为什么我的目标分子会改变?

客户端根据下载任务的需要在目标之间切换。每当客户端开始新任务时,它将切换目标显示反映出当前处理目标的变化。例如,你的客户端可能正在处理一个天花目标,然后会自动转向炭疽致命毒素。

客户端工作时会自动存盘吗?

不会,如果你在完成一个候选药物的全部conformers之前停止运行,评测将终止。创建conformers的遗传算法是每个新的conformer取决于早先的一个和一个随机种子。我们目前正在努力实现评测中的自动存盘点。

你们如何处理结果?

我们是结果的接受者,并且我们与我们的擅长统计力学和基于结构的药物设计的顾问和科学家合作进行最初的内部后加工分析。我们将在我们的合作者的帮助下发展任何有希望的线索。