求翻译：Rice results updates

恐龙蛋

WCG弹出消息这个。。求翻译一下。

It is certainly time for another update:

The rice structures have been clustered to find the best representative structures and these structures have been compared to libraries of known structures to determine their function. This took several months on our local computing cluster.

We have also used an independent method based only on sequence to determine the function of the genes. This only gave us confident assignments in about 1% of the cases. Nevertheless, this will give us a decent sized gold-standard set with which we can assess how accurate the NRW structure based methods are for predicting gene function.

However, as I was benchmarking the clustering method, I found, quite unexpectedly (which is why you do the benchmarking...), a very good alternative method for clustering the structures that should improve the accuracy of the final predictions.

The structures are being reclustered using the new method.

The comparison and analyses of the function predictions using the original clustering method is underway while this is being done.

Once this is done, we will publish the results and put all the structures up on the website.

Another paper is close to being submitted detailing the new very fast and accurate clustering methods that were developed to deal with the large datasets generated by NRW. The resulting software package Protinifo-cluster is GPU/SSE/AVX accelerated and optimised. It will be released to be used without restriction and should be of use to the general protein folding community. This is the software being used for the re-clustering.

As for further NRW projects - there are no plans for a NRW2 but some plans in development for one based on the 1000 plant project, which is about to release the sequences of 1000 plant genomes. This will depend of course, on how well the methodology worked with rice.

Hong

SaintLaser

好像不长，渣渣翻译开始。
因为不了解该项目的背景，我先贴一个项目简介
Nutritious Rice for the World

项目状态和成果：   目前的项目状态和成果由华盛顿大学的 Computational Biology Research Group 报告。要参与该项目的讨论，请访问“全球营养水稻”论坛。 任务 该项目的目的是预测主要水稻品种的蛋白质结构。旨在帮助农民种植出具有更高产量、防病虫害能力更强并具有各种生物学营养物质的水稻品种，从而为饥荒问题严重地区的人民带来福音。 确定蛋白质结构是一个极为困难且代价高昂的过程。但是，有可能通过计算方法，从蛋白质的相应 DNA 序列预测出其结构。位于华盛顿大学的 Computational Biology Research Group 已开发出高水平的软件来实现这一任务。困难在于，水稻中具有成千上万种迥异的蛋白质。这就带来一个计算难题，一台计算机无法在合理的时间范围内完成这一任务。因此，World Community Grid 志愿者受邀帮助完成这一艰巨任务。通过与农业研究人员和农民的协作，希望最终能够提高全球水稻的产量和质量。 意义 饥饿和营养不良是全球最主要的健康问题。将近 30% 的世界人口都存在某种形式的营养不良问题[1]。每年全球有 1000 万人死于饥荒以及与饥荒相关的疾病。事实上，全球每年死于饥荒和营养不良的人比死于艾滋病、疟疾和肺结核的人的总和还多[2]。 大米是全球半数以上人口的主食。全球所有人的食物能量摄入总量中有 20% 来自大米。单单在亚洲，就有超过 2 亿人的日常饮食能量的 70% 来自大米及其副产品[3]。 改良水稻品种以提高产量、健壮性和营养水平，将使几十亿人受益。 方法 以前主要通过杂交来产生具有最佳特性的杂交水稻来培育更好的水稻品种。然而，这仅限于具有易于发现的特点的杂交品种。 复杂的特性（高产量、防病虫害或营养成分）源于单一成分蛋白质的复杂的生物化学交互作用。识别这类蛋白质并了解其属性和交互作用使种植者可以通过更细致地选择用于杂交的候选品种，以更为优化的方式来影响这些特性。预测蛋白质结构使我们能够洞察其在这些特性的生物化学方面所起的作用。

It is certainly time for another update:
这自然又是一个进度更新：

The rice structures have been clustered to find the best representative structures and these structures have been compared to libraries of known structures to determine their function. This took several months on our local computing cluster.
我们测算并找出了大米最具代表性的蛋白质结构，将这些结构跟数据库的结果进行对比，推算出他们的功能。

We have also used an independent method based only on sequence to determine the function of the genes. This only gave us confident assignments in about 1% of the cases. Nevertheless, this will give us a decent sized gold-standard set with which we can assess how accurate the NRW structure based methods are for predicting gene function.
我们也使用了一个基于序列的独立理论以推测基因的功能，但是这只在大约1%的情况中给了我们一点信心。尽管如此，这也为我们推测NRW项目中预测基因功能的基础理论到底有多准提供了一套黄金标准。

However, as I was benchmarking the clustering method, I found, quite unexpectedly (which is why you do the benchmarking...), a very good alternative method for clustering the structures that should improve the accuracy of the final predictions.
在我对NRW项目的计算方法做标准检查时意外发现(这就是你为啥要做标准检查)有另一条计算法在最终预测时能够使结果更加精确。

The structures are being reclustered using the new method.
接着用老方法测定的蛋白质结构就会被新的计算方法再测算一遍。

The comparison and analyses of the function predictions using the original clustering method is underway while this is being done.
在新方法出现之后，仍然会在预测中用老方法对比、分析蛋白质结构。

Once this is done, we will publish the results and put all the structures up on the website.
对比、分析完成之后，我们会把预测的结果和相关蛋白质结构上传到网站上。

Another paper is close to being submitted detailing the new very fast and accurate clustering methods that were developed to deal with the large datasets generated by NRW. The resulting software package Protinifo-cluster is GPU/SSE/AVX accelerated and optimised. It will be released to be used without restriction and should be of use to the general protein folding community. This is the software being used for the re-clustering.
最近将发布一个新的论文，详细介绍NRW项目中衍生出的那个既快又准的测算方法。新算法的软件包对显卡、SSE指令集、AVX指令集进行了优化，计算速度有所提升。[译注：Protinifo-cluster不知道是什么意思，故略]。我们会原封不动的发布这个软件包并推广到其他蛋白质折叠群体中，这个软件包主要适用于重新计算。

As for further NRW projects - there are no plans for a NRW2 but some plans in development for one based on the 1000 plant project, which is about to release the sequences of 1000 plant genomes. This will depend of course, on how well the methodology worked with rice.
以下是NRW项目的未来情况：没有NRW二期计划，但是有些成员计划进行一个测算并发布1000种植物基因组的项目，计划能否顺利开展取决于我们的测算技术在大米上是否足够管用。

Hong
红/宏/洪/哄/鸿/虹[译注：可能的对应汉字就靠大家脑补了]

faner

大米转基因 人吃了会咋样 网上看看就毛骨悚然

恐龙蛋

不错，期待转基因大米早些上市。。。

zzfwind2007

如果只看项目介绍，只不过是研究蛋白质结构，“实地操作”是杂交。

任务
该项目的目的是预测主要水稻品种的蛋白质结构。

方法
...
识别这类蛋白质并了解其属性和交互作用使种植者可以通过更细致地选择用于杂交的候选品种，以更为优化的方式来影响这些特性。


但新闻里居然提到了基因！

“我们也使用了一个基于序列的独立理论以推测基因的功能，但是这只在大约1%的情况中给了我们一点信心。尽管如此，这也为我们推测NRW项目中预测基因功能的基础理论到底有多准提供了一套黄金标准。”

不过，也没明确提到转基因。

zzfwind2007

Nutritious Rice for the World 结束了？

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projectShortName=rice

panda7456

zzfwind2007 发表于 2013-5-9 10:48
Nutritious Rice for the World 结束了？

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projec ...

也许又活了?

vincentdark

中国的生物学家已经证明，食物中的基因可以仅仅通过进食就能对人体内的基因产生影响，所以任何转基因食品对人类来说都存在着巨大的风险！这种人工合成的基因不仅没有任何对人体有益的功效，还往往对人体本身的基因有着不可预测的影响！所以转基因的项目我是绝对不会参与的，不只是不参与，我还要强烈抵制！大家最好都要有个清晰的认识~

SaintLaser

vincentdark 发表于 2013-5-9 13:26
中国的生物学家已经证明，食物中的基因可以仅仅通过进食就能对人体内的基因产生影响，所以任何转基因食品对 ...

什么研究呢？有没有一些实验结果、论文、数据之类的可以证明转基因可以对人体基因产生影响？
一直听别人说抵制转基因产品，但是不知道有什么证据证明转基因产品直接危害人体。转基因作物会危害自然基因库倒是真的，那花粉到处飘。

vincentdark

SaintLaser 发表于 2013-5-9 13:42
什么研究呢？有没有一些实验结果、论文、数据之类的可以证明转基因可以对人体基因产生影响？
一直听别人 ...

这个确实是有研究结果的论文貌似也是有的，之前貌似还比较出名的，我现在一下子也找不到资料了，你可以搜搜看~

arthur200000

vincentdark 发表于 2013-5-9 13:46:55

这个确实是有研究结果的论文貌似也是有的，之前貌似还比较出名的，我现在一下子也找不到资料了，你可以搜搜看~

反正我没看到过。。。。
拿来一起笑笑？来自: Android客户端

arthur200000

SaintLaser 发表于 2013-5-9 13:42:12

什么研究呢？有没有一些实验结果、论文、数据之类的可以证明转基因可以对人体基因产生影响？
一直听别人说抵制转基因产品，但是不知道有什么证据证明转基因产品直接危害人体。转基因作物会危害自然基因库倒是真

注意【人工合成的基因】。转基因也是剪下来贴上去的吧。。。。
再说，不管什么蛋白什么核酸，（只要能消化）在肚子里一样被切碎了用了。。。来自: Android客户端

vincentdark

arthur200000 发表于 2013-5-9 18:26
注意【人工合成的基因】。转基因也是剪下来贴上去的吧。。。。
再说，不管什么蛋白什么核酸，（只要能消化 ...

是的，之前我也是这么认为的，吃进去的东西肯定都是消化分解吸收的，但是后来看了那个文章（有论文）才知道是可以的，我记得那个研究结果应该就是1年前的吧，现在我搜不到了，等我再找找看……

vincentdark

好吧，我认输了！那篇文章找不到了，输进去几个关键词出来的都是铺天盖地的围绕“转基因食品”的对喷文章，有什么意思呢？我看的那篇文章没有扯到转基因，它只是证明了食物中的基因是可以直接进入到人体的。我就不跟你们争了，我有空再找吧，找到了我会发个帖出来说的，要是找不到你们就当我脑残了吧……

arthur200000

vincentdark 发表于 2013-5-9 20:20:29
好吧，我认输了！那篇文章找不到了，输进去几个关键词出来的都是铺天盖地的围绕“转基因食品”的对喷文章，有什么意思呢？我看的那篇文章没有扯到转基因，它只是证明了食物中的基因是可以直接进入到人体的。我就不跟

像病毒那样钻进来估计可以来自: Android客户端