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我的eterna的文章完成了

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发表于 2011-11-20 20:48:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Sharpshooter 于 2011-11-27 20:09 编辑

先给大家一段简介,可以放到wiki系统里面

EteRNA是一款由 Carnegie Mellon University Stanford University联合开发的基于Rosetta算法的在线RNA折叠游戏。

EteRNA中,不仅能设计一些普通的RNA,还能根据自己的想象设计一些“另类”的RNA,在lab中还能为自己心仪的RNA投票。

游戏中,我们可以亲身参与各类与人类息息相关的RNA,如:酿酒酵母,血红蛋白等等。最吸引人的是可以设计最前沿的RNA

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参与人数 3基本分 +39 收起 理由
panda7456 + 8 感谢!
Youth + 19 我很赞同
Tynox + 12 感谢翻译.

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 楼主| 发表于 2011-11-20 21:08:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 Sharpshooter 于 2011-11-20 21:10 编辑

首先,EteRNA所必须的一些基础知识,我在这里就不解释了,不懂的直接去Wikipediu类我这篇文化完全是以类类似小学生找规律和游戏的角度去考虑的,科学性的问题是斯坦福的事情,我们大可不必去考虑它
  第一点:配对问题
1、        U与G配对。 这个配对是所有配对中最重要的,但在众多生物教课书中都没有提到(包括大学教科书),基本上所有的Puzzle(我i不知道这个单词应该用哪个解释,所以我直接用英语)都有对VG的要求,而且越小的puzzle进行VU越难(这一类最难的大概是“小发夹”RNA了)。这个UG配对能量是最弱的,最不稳定。
2、        A与U,这个配对是最常用的,因为大多数puzzle对GC配对有限制,所以能量第二的AU配对就成了最好的选择,它比较普通。
3、        G与C配对,它的能量最大了,主要是三个氢键的缘故,在一般连续rna中基本上是必须要用CG配对的,否则就会散开,没有足够的能量讲它们连接起来,就像两块相反的磁铁,要有足够大的力才能让它们并拢。
第二点:通用方法
   在EtrRNA中,Target Shape是原先就给大家的,所以我所有的puzzle都是从已知的结构或预测的结构入手,最后只要和原来相符,就算成功了,相信所有人都是这么做的。所有需要研究的结构一开始都是。这个方法多余任何RNA都适用
1、        chains
chains就像认定额尺骨,桡骨和脊柱,是整个RNA的主要组成部分,建议大家使用交错的U,A配对,这样可以市整个结构的能量比较低,然后最好在来年高端各放置一个GC配对,如果对GC数量有限制的话。每段chains最少一个GC配对,这种情况就把GC配对放在靠中间的地方,这样可以使能量足够大,将概算chains连接起来。
a   a       a   u              c   g
a   a       u   a              u   a
a   a       a   u              a   u
a   a  ==   u   a            u   a
a   a  ==   a   u      or   a   u
a   a  ==   u   a            u   a
a   a       a   u              u   a
a   a       a   u               c   g

在个别情况下,这样结构的能量还是不够大,所以就应该再多加一个GC配对或讲所有A放一边,U放一边,A与U的位置不同有时所携带的能量也是不同的。
g   c           g   c
a   u           a   u
u   a           a   u
g   c     or   a   u
u   a           a   u
a   u           a   u
g   c           g   c
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 楼主| 发表于 2011-11-20 21:29:58 | 显示全部楼层
自由能量
当你在玩eterna 的puzzle时,左上角会有一块显示自由能量的地方,这个衡量的是分子的内能,一切温度高于0k的物体都有内能。当你在使用能量的时候越低越好。显示自由能量的地方的数值会更小。
在蛋白质折叠和RNA折叠的世界中,享有的理论是能量越低越稳定,然而这并不意味着设计RNA的实验室解决方案时,我们每次都要长时尽可能低的能量。






完成RNA的顺序
这个顺序也是我自己摸索出来的。在我和那些外国友人聊天时他们也使用和我类似的方法
第一步:
填满所有的随即长度的chains(用AU)
第二步
更换需要稳定形状的GC对,越多越好。无论是否有数量限制
第三步:
一旦结构稳定了就开始删除一些没必要的和额外的GC对,这一步通常是最难的一个完美的GU对放在原来的AU对上(覆盖))看它是否保持原来的结构。这将进一步的降低能量。接下来如果还要继续降低GC的数量就长时将CG对改成AU读
第四步:
检查。其实总是要看做左上角那条是否全部变成白色。如果GU太少就继续将AU改成GU,如GC还是太多,就重复第三步
第五步:
Win
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 楼主| 发表于 2011-11-20 21:37:05 | 显示全部楼层
2、loop
   Loop就像人的关节,大的像人的骨盆,上下连着许多chains也是一个RNA必要的组成部分。连着loop的chains都尽量用GC配对。


如果在targot shape中分开的几个A还用了GC配对,AU对UG对,在真实的情况下,它们就连起来了,就错了。


G与C两个碱基回来位置基本上是没有要求。
第三点:特殊技巧
以下着威胁技巧全部都是我自己经过几百个puzzle自己总结出来的,希望对大家有帮助。
1、“五角星”其实这个并没有确切的名称,但为了便于记忆我在这里暂且把它叫做“五角星”。
这个我下次再编辑

“五角星”需要两对GC配对,并且要交错,中间一个开口。
2、“v”形成loop

这个我下次再编辑

“v”形成loop在每侧chains与loop相交的地方都需要一对GC,且相邻的地方不能同为C或者是G
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 楼主| 发表于 2011-11-20 21:38:33 | 显示全部楼层
由于我期中考试有一点小失误,所以被限制了使用电脑的时间,完成文章就被拖延了,sorry
我会尽快完成的
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发表于 2011-11-21 16:22:56 | 显示全部楼层
感谢楼主的翻译.
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发表于 2011-11-21 18:56:49 | 显示全部楼层
我主要是Loop没看懂
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 楼主| 发表于 2011-11-21 19:13:45 | 显示全部楼层
回复 7# acp134


    我还会写一篇loop guide
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发表于 2011-11-21 19:27:46 | 显示全部楼层
回复 8# Sharpshooter


    那太好了
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 楼主| 发表于 2011-11-22 15:53:40 | 显示全部楼层
我在写文章之前大家兴趣都挺大的,为什么我写好了以后回帖的人不多
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 楼主| 发表于 2011-11-25 19:21:36 | 显示全部楼层
回复 6# Tynox


   这个不是翻译的
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发表于 2011-11-26 13:14:04 | 显示全部楼层
回复 11# Sharpshooter


    不管怎样,感谢楼主的贡献。应当搬到wiki上去。
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发表于 2011-11-26 21:14:35 | 显示全部楼层
回复 10# Sharpshooter

年底了,学生去考试了,其他人不是去催债就是被催债。。。都忙着呢。。。
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发表于 2011-11-26 21:15:41 | 显示全部楼层
另外,楼主有没有这个游戏的 web 地址?
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 楼主| 发表于 2011-11-26 21:27:45 | 显示全部楼层
回复 14# refla


   eterna.cmu.edu
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