[WCG]为世界创造更好的大米 A Better Rice For The World

碧城仙

来源：http://www.distributedcomputing.info/news.html
原载：Alexander Janssen's Blog - http://itnomad.wordpress.com/2010/05/19/a-better-rice-for-the-world/
标题：A Better Rice For The World - 为世界创造更好的大米
作者：
日期：2010年5月19日
概要：对 WCG 负责人 Dr. Ram Samudrala 针对 Nutritious Rice for the World 项目进行了采访。

有愿意帮助翻译的，请直接回帖（可以先占座，再翻译或编辑）

xuyongchen

貌似也已经找不到了。。。

昂宿星团人

回复 2# xuyongchen


    什么找不到了？话说你接这个任务么，不接的话我就要了哦？

xuyongchen

回复 3# 昂宿星团人


    你要了吧，记得是当时发现文章不在链接的地方。所以说找不到了。。不过现在不知道为啥又能看到了。不过我没时间翻译了，你有兴趣的话就接了吧~

昂宿星团人

回复 4# xuyongchen


    那我不客气了~

xuyongchen

回复 5# 昂宿星团人


    尽情享用~

昂宿星团人

The Nutritious Rice for the World (Rice) project, a World Community Grid BOINC project, ended a few weeks ago. BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) is a non-commercial program and infrastructure which allows volunteers to donate their computer’s spare computing resources to take part in very interesting, computing intense scientific projects. Many people around the world contributed their CPU-resources to help figure out the structure of proteins of the most common strains of rice. In the end, about 25,761 years of CPU-time were contributed to the project. IBM heavily contributed to this project through their World Community Grid (WCG) program, offering Rice a massive userbase and community .

全球营养水稻项目（The Nutritious Rice for the World project ）-一个世界公共网格（World Community Grid ，以下简称WCG） 在伯克利开放式网络平台上运行的项目在几周前刚刚结束。伯克利开放式网络平台（Berkeley Open Infrastructure for Network Computing ，以下简称BIONC[BOINC]）是一个非商业性的程序，它作为一个重要的平台，使得志愿者们能够将自己计算机的闲置资源贡献给那些有趣的需要大量运算的科研项目。世界上已经有许多人为了计算出常见品种稻米中蛋白质的结构，而提供了他们的CPU资源。最终 ，志愿者们为这个项目贡献出的运算时间总计约25,761年。在这个过程中，IBM公司通过他们的WCG给了这个项目坚实的用户基础与团体。




Rice is one of the most common foods in various parts of the world. It’s in the interest of us all to find varieties and breeds of rice which are most nutritious or resistant against pests; the project’s goal is to find out which varieties of rice interbreed with others to give the best results so that we’ll get new strains of rice which are harder, better, faster, stronger.

稻米是在世界范围内最为常见的食物之一。我们都有兴趣去寻找最具营养价值，或能够有效抵抗害虫的各种特性、各种品种的新型水稻。全球营养水稻项目的目标就是寻找哪两种水稻杂交能够产生最好的结果，这样我们就能够得到生命力更顽强、品质更优良、生长更快速、植株更强壮的新品种水稻。




A lot of BOINC-users who contributed to the project (like myself) are now asking themselves a lot of questions. Who are the people behind the scenes? How much work is necessary to get a project like this into operation? What was IBM’s role? What will happen with the contributed results? And after all, who will benefit from the project?

许多为这个项目贡献力量的用户（就像我自己）现在都抱有很多疑问。幕后的人是谁？有多少工作对于这类的项目的运行是必要的？IBM扮演的是什么角色？在人们共同努力下获得的成果将会被怎样处理？最终，谁将从中获益？

昂宿星团人

I think no one can give better answers than Ram Samudrala, PhD and Principal Investigator of a computational genomics research group at the University of Washington. Rocker, scientist and Emacs-admirer – he was so kind to answer me some questions about the project.
我认为没有人能比Ram Samudrala做出更好的回答了。Ram博士是华盛顿大学（University of Washington）计算基因组学研究小组的首席调查员，同时也是一名科学家、摇滚乐迷和emacs（译注：一种UNIX系统的文本编辑器）的忠实用户。他非常亲切地回答了我的几个问题。



Tell us a little about yourself and how you got involved in the Rice-project.

请您向大家介绍一下自己，并说说您是怎样接触到NRFW项目的。



Ram: I’m a professor researching computational biology at the University of Washington Seattle. My overarching interest has been to understand and model how the genome of an organism (genotype) specifies its behaviour and characteristics (phenotype). We develop computational algorithms to this end that are applied to whole genomes and we work on many organisms. Rice was specifically chosen since our collaborators at the Beijing Genomics Institute had just finished sequence (and we annotated the refined version) and I also got a $1.9 million grant from the US National Science Foundation (NSF) to predict the structure and functions of all proteins encoded by the rice genome. We developed algorithms to do this and we applied it to all rice proteins. Then IBM came along and offered us the means to redo some of our calculations on the most difficult proteins using the WCG and then we ported our code over to work on the Grid.

RAM：我在华盛顿大学是一位研究计算生物学的教授。我最大的兴趣是了解一个有机体的染色体组是怎样确定其行为与特征（表现型），并对其进行建模。为了达成这个目标，我们开发了一种能够适用于整个染色体组的算法，并利用该算法对很多有机体进行了研究。我们在北京华大基因研究中心（the Beijing Genomics Institute）的合作者完成sequnece（我们为完善版做了注解）之后，全球营养水稻项目就被特意挑了出来，另外我还从美国国家科学基金会（the US National Science Foundation）获得了190万美元的拨款用以预测由水稻染色体组编码的所有蛋白质的结构与功能。为了预测蛋白质的结构与功能，我们开发了能够应用于所有水稻蛋白质的算法。然后，IBM公司出现了，他们为我们提供了重新对那些复杂的蛋白质进行运算的方法-也就是利用WCG。这之后，我们便将代码移植到了WCG上。



When was the first time you considered using voluntary distributed computing for your project?

您是什么时候开始真正考虑将志愿分布式计算应用于您的项目的？



Ram: Since the days of SETI@home, and since we built our own local clusters to do structural computational biology, but porting our code to BOINC was always a
inertial challenge.

Ram：是在SETI@home兴起的那段时间，同时那也是我们为了研究计算结构生物学而建立起自己的本地服务器集群的时候，不过将我们的代码移植到BOINC上一直是一个很大的挑战。



Did you consider using other DC-infrastructures except BOINC, like distributed.net? If yes, why did you decide using BOINC?

您想过利用BOINC以外的像是distributed.net这样的分布式计算平台吗？如果有过这样的打算，那么您为什么选择了BOINC呢？



Ram: No, we used BOINC since it was what was supported by IBM WCG.

Ram：没有，因为BOINC有IBM的WCG支持，所以我们一开始就选择了BOINC。

昂宿星团人

因为暑假发生了这样那样的有趣的事情，所以这翻译坑了。。
我是明天晚上的火车，去南京，军训两个月+，这期间肯定是没机会继续了。要是各位有兴趣的话可以接着我这个翻，当然，如果没人要的话，等正式开学了我会继续填坑。。

古明地觉

为保持翻译风格一致，最好还是等你有空了来填坑吧

zglloo

7# 出现了名字错误 蓝色标出

昂宿星团人

回复 11# zglloo


    谢了

CCCP0081

很多时候我都不知道自己到底在做什么。

昂宿星团人

回复 13# CCCP0081


    我也不知道（你）在干什么。。

CCCP0081

其实我想说——我要歪楼