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有许多在这里发言的人认为GPU和PS3的CELL比CPU的计算能力强，算的快。这其实是一个误解。CPU与GPU/CELL这样的流处理器的结构有很大的不同。前者很复杂，对于大量重复计算工作效率较低，但可以从事很复杂多样的计算。而后者很简单（大量流处理器并行计算，最复杂的是流分配器，而每个流处理器结构都非常简单），但处理大量相同或者相似的任务效率极高。可它处理复杂多样的任务时效率反而很低。
对于蛋白质分子，其结构也是多种多样的。有的结构复杂，分子运动机理也复杂，因此用CPU仿真比较合适，效率较高。而有的分子结构比较简单（虽然分子量并不小），因此适合用GPU/CELL这样的流处理器来仿真。这就产生了不同的WU。GPU/CELL比CPU计算速度快——对于分子结构简单的蛋白质分子（WU）无疑是正确的。但对于结构复杂的分子却不是这样。其实FAH项目组很清楚这一点。所以他们让不同处理器对应着完全不同的WU。每种处理器只处理自己对应的WU，而不会处理其他的WU。我想根本的道理就在上面解释的原因中。
很可惜现在FAH的官网已经不再给出完整的WU列表了（以前可以看到，相信一定有好事者已经做出了一份新的非官方列表了）。否则大家可以很清楚的看到这一点。
另外还有一个重要的原因就是FAH项目组为了能够方便更多的人成为donor，特意调整了WU的大小（这是我猜想的，没有得到证实，但我认为是可能而且合理的），以遍donor可以在较短的时间算完一个WU。这一方面让donor觉得很有成就感，另一方面也加快了WU的周转时间。我想相信WU的大小是有一定限制，即不是可以无限小的。这可能和计算的准确度有关，也可能跟计算的效率有关。但在出现了CELL和GPU以后，通过适当的取舍，现在确实可以做到几个小时完成一个WU。我相信这为减少不熟悉FAH的PS3 donor的心理障碍起了不小的作用。PS3成为FAH的主力军，这项措施功不可没。
以上是我以前泡英文版FAH论坛和读FAQ学到的一点东西。可能有不准确的地方。但只想说明原理。让大家不要盲目比每帧的时间（这除了可以让你在关机前能看到WU计算结束以外对你没有其他的意义）。而象一些老DONOR那样，装上FAH CLIENT就不要管它。坚持上若干年。那才是DONOR的真正境界。 |
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发表于 2008-4-21 00:25:27
