问关于Folding、Predictor和Rosetta的问题

feynord

PiSegment算完了，实验室有闲置的机器，想算一个蛋白折叠类的项目。所以想请问一下大家Folding、Predictor和Rosetta这三个项目哪个比较推荐呢？

特别是我想了解一下它们在算法上的区别，有高人可以简单讲一下么，或者不知道这些项目有相关的论文么？
另外也想知道在哪个项目上中国队排名靠前呢~
谢谢大家！

zglloo

Folding的wu我个人算得比较少我大部分在boinc下计算
Predictor的计算周期比较长 至今没有计算
Rosetta是我现在首选的项目  但是现金他的占用内存比较大

以下来自http://cn.boincstats.com
Rosetta中国排名 30
http://cn.boincstats.com/stats/c ... osetta&co=China
Predictor中国排名31
http://cn.boincstats.com/stats/c ... pr=pah&co=China

feynord

原帖由 zglloo 于 2007-7-31 15:39 发表
Folding的wu我个人算得比较少我大部分在boinc下计算
Predictor的计算周期比较长 至今没有计算
Rosetta是我现在首选的项目  但是现金他的占用内存比较大

谢谢，Rosetta是机器闲置下来后屏保运行的吧？要是这样的话内存就没问题了。
但Folding好像是一边正常工作他一边占用剩余资源的吧？

feynord

原帖由 gcabcde 于 2007-7-31 16:44 发表
还有wcg，自己感觉，蛋白质折叠和艾滋病，3000+2.4G算起来差不多3～5小时/WU，占用内存80～110M，boinc得分40～60分/WU，各项数据都比较适中

你是指FightAids吧？想参与他的话到底参加是wcg还是BOINC呢？
wcg里有蛋白质折叠项目么？

zglloo

WCG主要项目是 FightAIDS@Home      Human Proteome Folding 2  
是艾滋病方面

[ 本帖最后由 zglloo 于 2007-8-1 00:35 编辑 ]

feynord

thanks!
准备先下个BOINC了。算算Fighraids和Rosetta。

[ 本帖最后由 feynord 于 2007-8-1 14:30 编辑 ]

Youth

就算计算暂停，最好也设置成将计算程序留在内存里，不然这个项目的存盘间隔有点长，老把它从内存中请出去的话，计算力很容易就浪费了

原帖由 feynord 于 2007-7-31 20:28 发表

谢谢，Rosetta是机器闲置下来后屏保运行的吧？要是这样的话内存就没问题了。
但Folding好像是一边正常工作他一边占用剩余资源的吧？

feynord

恩，个人机打算存在内存里，服务器就不打算存了，不过我不太清楚如果设定成闲置3分钟后才启动运算的话，像远程登录这种行为算打破“闲置”么？

lch=gta

我个人比较喜欢和推荐SIMAP的，只不过这个项目的WU有点紧俏

feynord

楼上的是来自MIT么 ？

SIMAP我看了一下英文介绍，关于同源蛋白质序列比对的是吧，我很有兴趣，但没说清楚它的目的是训练算法还是单纯比对一个个蛋白呢？楼上推荐它有什么原因么 ？

lch=gta

我当然希望自己来自MIT了

那个项目的具体算法我不太清楚

但是我看名字似乎是和矩阵有些关系？

而且似乎是说做某种预测？

我推荐它其实主要是因为任务包稍小，内存占相对来说用也很小

feynord

恩，应该跟矩阵有关系，不过我不大懂矩阵这些方法学的东西，所以想问：）

目的应该是通过比对已经得到的蛋白质结构，来实现通过序列预测未知蛋白质的结构。