[转贴]F@H 与 R@H的不同

alen

Folding@home和Rosetta@home的不同

Folding@home和另一个分布式计算计划Rosetta@home都作和蛋白质相关的研究，导致公众常常把两者的目标混淆，或不知道应该参加哪个计划。为此，Folding@home的管理者、潘德小组的领导人费积．潘德教授（Professor Vijay S. Pande）解说道：

我熟悉贝克、朗根纳顿和他们的工件，并（正如整个蛋白质研究社群一样）觉得他们的工作至关重要，使我印象深刻。但是，Rosetta@home和Folding@home两者想要解决的，是很不同的问题。

Rosetta@home只着重蛋白质完成折叠后的最终状态，并非折叠的过程。而且，Rosetta@home也不会探究折叠可能出现的错误。他们的研究方法，对我们感兴趣的问题和要对付疾病（例如阿兹海默症），也没有帮助。

同时，人们也该明白，用电脑去准确预测蛋白质的结构，比起进行真正的实验，还是更具挑战性的。从Folding@home所获得的有关蛋白质折叠和误折的资料（例如速度、能量）是和实验结果相符合的，也告诉我们更多实验不能发现的东西。而Rosetta@home，虽然已进行了很长时间，也取得一些很可观的成果，但当要在Rosetta@home预测的结构和晶体结构（crystal structure）之间选择时，都会选取晶体结构。因为他们的努力，我相信这将会改变，但要这梦想成真，还有一段很长的路要走。

因此，两个计划都很有价值，但处理的却是不同的问题。我想有些人误解了，以为Folding@home是关于预测蛋白质的结构（其实并不是，这是Rosetta@home的专长），Rosetta@home是研究与蛋白质折叠错误相关的疾病（其实并不是，这是Folding@home的专长）。希望这篇贴文有助澄清一下。

原文: http://zh.wikipedia.org/wiki/Folding@home

[ Last edited by alen on 2006-6-8 at 13:40 ]

alen

这样看来, F@H似乎更注重于"原理"或者"基础"的研究, 看起来会比R@H发展更快或者说效率更高?

Youth

就我的理解,两个都是关于蛋白质折叠的基础研究,只不过一个注重过程,另一个则注重结果,在大的背景下可以看成是互补的。//虽然fah的老大说rah的成果对他们没有帮助...:)

预测结构和晶体结构那段,后者应该指的是用物理实验方法得到蛋白质的结构,但据说这个似乎是很花钱的...另外,IBM的WCG项目中关于人类基因的子项目,用的就是rosetta的计算程序。

rah的网站也有其研究内容对疾病研究的作用的说明。

因为没算过fah,了解不多,但rah在boinc平台上能那么引人注意,除了合适的研究内容,很大程度上也是与项目组的积极态度,对参与者的积极回馈等分不开的。

Youth

对了,还在boinc刚出来的时候fah就说会有boinc版本,一直到现在也没动静,不知道为啥...

taoran

说来也是，斯坦福大学和伯克利挨得那么近，fah却没有融合进boinc，确实比较奇怪，难道是谁也不服谁吗？

Youth

下午去fah的论坛上看了看，问这个的人也有不少，但似乎没有看到任何官方的回复

我估计可能和ud的情况有些类似，已经自己花工夫整了一个平台，就不会想再用别人家的平台了：）

碧城仙

引用 taoran 在 2006-6-8 14:51 时的帖子:
说来也是，斯坦福大学和伯克利挨得那么近，fah却没有融合进boinc，确实比较奇怪，难道是谁也不服谁吗？

说来也是，肯德基和麦当劳挨得那么近，肯德基却没有被并进麦当劳，麦当劳也没有被并进肯德基，确实比较奇怪，难道是谁也不服谁吗？

BiscuiT

引用 碧城仙 在 2006-6-8 16:34 时的帖子:

说来也是，肯德基和麦当劳挨得那么近，肯德基却没有被并进麦当劳，麦当劳也没有被并进肯德基，确实比较奇怪，难道是谁也不服谁吗？

说来也是，男厕和女厕挨得那么近，男人却没有走进女厕，女人也没有走进男厕，确实比较奇怪，难道是谁也不服谁吗？

windin

说起来，还是斯坦福比伯克利在传统上要名气大吧，不过他们倒是良性竞争。
不像上海的交大和复旦。这么多年了，上海这两所大学到底为国家创造了什么？倒是竞相攀比校庆规模，可悲！

Grё@thΙll

呵呵～～～

说来也是，北大和清华挨得那么近，北大却没有吞并清华，清华也没有吞并北大，确实比较奇怪，难道是谁也不服谁吗？


开玩笑的说～～～^_^

我觉得还是在同一平台比较好～～毕竟统一性较强～^_^

SXPCrazy

明白了，看来短期内恐怕对于疾病，还是 F@H 有效一些。

refla

还不是很明白，不过没关系，只要有我就算。

feynord

rah的网站上介绍他的研究内容包括计算大分子内或大分子间交互作用能量的势函数，以此来实现蛋白质交互作用设计和蛋白质交互作用预测，所以我想也不能单纯说rah是只重结果。有没有高人能从算法角度具体解释一下呢？

不过潘德教授这句话说得是很中肯的：“Rosetta@home，虽然已进行了很长时间，也取得一些很可观的成果，但当要在Rosetta@home预测的结构和晶体结构（crystal structure）之间选择时，都会选取晶体结构。因为他们的努力，我相信这将会改变，但要这梦想成真，还有一段很长的路要走。”

这是真的。目前而言，能够得到广泛承认的蛋白质三维结构，只有三种办法得到：X射线晶体衍射（所谓晶体结构），NMR（核磁共振），和高分辨电镜。除此之外，也有一种可以预测蛋白质结构的计算手段得到了有可能得到PDB（蛋白质结构数据库http://www.pdb.org）的承认，就是Homology Building（同源蛋白质模建）。而rah所从事的工作，蛋白质结构从头预测，前景是光明的，道路是曲折的。。。

[ 本帖最后由 feynord 于 2007-7-31 20:36 编辑 ]