我的eterna的文章完成了

Sharpshooter · 发表于 2011-11-20 20:48:23

本帖最后由 Sharpshooter 于 2011-11-27 20:09 编辑

先给大家一段简介，可以放到wiki系统里面

EteRNA是一款由 Carnegie Mellon University 和 Stanford University联合开发的基于Rosetta算法的在线RNA折叠游戏。

在EteRNA中，不仅能设计一些普通的RNA,还能根据自己的想象设计一些“另类”的RNA，在lab中还能为自己心仪的RNA投票。

游戏中，我们可以亲身参与各类与人类息息相关的RNA，如：酿酒酵母，血红蛋白等等。最吸引人的是可以设计最前沿的RNA。

Sharpshooter · 发表于 2011-11-20 21:08:43

本帖最后由 Sharpshooter 于 2011-11-20 21:10 编辑

首先，EteRNA所必须的一些基础知识，我在这里就不解释了，不懂的直接去Wikipediu类我这篇文化完全是以类类似小学生找规律和游戏的角度去考虑的，科学性的问题是斯坦福的事情，我们大可不必去考虑它
  第一点：配对问题
1、       U与G配对。这个配对是所有配对中最重要的，但在众多生物教课书中都没有提到（包括大学教科书），基本上所有的Puzzle（我i不知道这个单词应该用哪个解释，所以我直接用英语）都有对VG的要求，而且越小的puzzle进行VU越难（这一类最难的大概是“小发夹”RNA了）。这个UG配对能量是最弱的，最不稳定。
2、       A与U，这个配对是最常用的，因为大多数puzzle对GC配对有限制，所以能量第二的AU配对就成了最好的选择，它比较普通。
3、       G与C配对，它的能量最大了，主要是三个氢键的缘故，在一般连续rna中基本上是必须要用CG配对的，否则就会散开，没有足够的能量讲它们连接起来，就像两块相反的磁铁，要有足够大的力才能让它们并拢。
第二点：通用方法
在EtrRNA中，Target Shape是原先就给大家的，所以我所有的puzzle都是从已知的结构或预测的结构入手，最后只要和原来相符，就算成功了，相信所有人都是这么做的。所有需要研究的结构一开始都是。这个方法多余任何RNA都适用
1、       chains
chains就像认定额尺骨，桡骨和脊柱，是整个RNA的主要组成部分，建议大家使用交错的U,A配对，这样可以市整个结构的能量比较低，然后最好在来年高端各放置一个GC配对，如果对GC数量有限制的话。每段chains最少一个GC配对，这种情况就把GC配对放在靠中间的地方，这样可以使能量足够大，将概算chains连接起来。
a a    a u             c g
a a    u a             u a
a a    a u             a u
a a  == u a          u a
a a  == a u    or a u
a a  == u a          u a
a a    a u             u a
a a    a u             c g

在个别情况下，这样结构的能量还是不够大，所以就应该再多加一个GC配对或讲所有A放一边，U放一边，A与U的位置不同有时所携带的能量也是不同的。
g c          g c
a u          a u
u a          a u
g c    or a u
u a          a u
a u          a u
g c          g c

Sharpshooter · 发表于 2011-11-20 21:29:58

自由能量
当你在玩eterna 的puzzle时,左上角会有一块显示自由能量的地方,这个衡量的是分子的内能,一切温度高于0k的物体都有内能。当你在使用能量的时候越低越好。显示自由能量的地方的数值会更小。
在蛋白质折叠和RNA折叠的世界中，享有的理论是能量越低越稳定，然而这并不意味着设计RNA的实验室解决方案时，我们每次都要长时尽可能低的能量。

完成RNA的顺序
这个顺序也是我自己摸索出来的。在我和那些外国友人聊天时他们也使用和我类似的方法
第一步：
填满所有的随即长度的chains(用AU)
第二步
更换需要稳定形状的GC对，越多越好。无论是否有数量限制
第三步：
一旦结构稳定了就开始删除一些没必要的和额外的GC对，这一步通常是最难的一个完美的GU对放在原来的AU对上（覆盖））看它是否保持原来的结构。这将进一步的降低能量。接下来如果还要继续降低GC的数量就长时将CG对改成AU读
第四步：
检查。其实总是要看做左上角那条是否全部变成白色。如果GU太少就继续将AU改成GU，如GC还是太多，就重复第三步
第五步：
Win

Sharpshooter · 发表于 2011-11-20 21:37:05

2、loop
Loop就像人的关节,大的像人的骨盆,上下连着许多chains也是一个RNA必要的组成部分。连着loop的chains都尽量用GC配对。

如果在targot shape中分开的几个A还用了GC配对，AU对UG对，在真实的情况下，它们就连起来了，就错了。

G与C两个碱基回来位置基本上是没有要求。
第三点：特殊技巧
以下着威胁技巧全部都是我自己经过几百个puzzle自己总结出来的，希望对大家有帮助。
1、“五角星”其实这个并没有确切的名称，但为了便于记忆我在这里暂且把它叫做“五角星”。
这个我下次再编辑

“五角星”需要两对GC配对，并且要交错，中间一个开口。
2、“v”形成loop

这个我下次再编辑

“v”形成loop在每侧chains与loop相交的地方都需要一对GC,且相邻的地方不能同为C或者是G

Sharpshooter · 发表于 2011-11-20 21:38:33

由于我期中考试有一点小失误，所以被限制了使用电脑的时间，完成文章就被拖延了，sorry
我会尽快完成的

Tynox · 发表于 2011-11-21 16:22:56

感谢楼主的翻译.

acp134 · 发表于 2011-11-21 18:56:49

我主要是Loop没看懂

Sharpshooter · 发表于 2011-11-21 19:13:45

回复 7# acp134

我还会写一篇loop guide

acp134 · 发表于 2011-11-21 19:27:46

回复 8# Sharpshooter

那太好了

Sharpshooter · 发表于 2011-11-22 15:53:40

我在写文章之前大家兴趣都挺大的,为什么我写好了以后回帖的人不多

Sharpshooter · 发表于 2011-11-25 19:21:36

回复 6# Tynox

这个不是翻译的

Tynox · 发表于 2011-11-26 13:14:04

回复 11# Sharpshooter

不管怎样，感谢楼主的贡献。应当搬到wiki上去。

refla · 发表于 2011-11-26 21:14:35

回复 10# Sharpshooter

年底了，学生去考试了，其他人不是去催债就是被催债。。。都忙着呢。。。

refla · 发表于 2011-11-26 21:15:41

另外，楼主有没有这个游戏的 web 地址？

Sharpshooter · 发表于 2011-11-26 21:27:45

回复 14# refla

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