计算机的进步使在三维尺度渲染分子变得相对容易和普遍。你可以用几种方式显示一个特殊分子的模型，并且我将简要地谈谈他们在我们的GUI(客户端，最新版本为2.0)和网页上的显示方式。
1. 棍子模型: 这里分子由代表原子键的棍子有效地显示出来。原子不被显示。棍子的厚度可以按您的意思改变。这类模型对化学家特别有用(制造这些分子的科学家)因为重要结构功能很容易被辨认。一般分子(候选药物)是这样显示的。原子按标准上色:
C - 碳(黑或灰色)
H - 氢(白色)
O - 氧(红色)
N - 氮(蓝色)
例子如下:
图A:
棍子模型的例子。
2. 球棍模型: 这与棍子模型相似，比棍子(键)大的大直径球代表原子。这类模型不比棍子模型代表更多信息。化学家倾向于棍子模型为它的简单。原子使图片更凌乱但看起来很美。这类模型科学家一般用于建立分子塑料模型以更好获得他们所研究分子的3-D特性。
图B:
球棍模型的例子。
3. CPK-空间填充模型:
CPK模型最初是科学家(Corey, Pauling,
Koltun)使用的。这里原子代表为对应于范德华半径的重叠球。这个模型可以让人更清楚在分子附近的空间拥挤程度。这类模型对化学家不是非常有用因为许多结构不能透视看见。然而有的情况下它很重要，因为可以了解使分子装入或通过一个孔膜需要多大空间。
图C:
空间填充模型的例子。 (CPK)
4. 丝带:
蛋白质是非常大分子由许多相同的亚单位(氨基酸)聚合形成的多聚合物。氨基酸序列连接成的一个长聚合物通常是它的主结构。这长的链形成不同类的二级结构如alpha螺旋(弹簧)，beta折叠和beta旋转。最高级的蛋白质组织称为它的三级结构，取决于各种二级结构元素的排列如alpha螺旋群，beta折叠群和beta旋转群。蛋白质的丝带模型表示二级结构元素的三维排列，是一条平的带状物表示氨基酸链的主要成分。这类模型不提供单个原子在结构上的排列的具体细节，但显示了关于蛋白质的三级结构的重要信息。通常把棍/丝带模型结合起来显示蛋白质。为了进行对比，蛋白质的棍子模型，丝带棍模型和丝带模型显示如下:
图D:
人造Rhinovirus(鼻病毒)主蛋白酶的棍子模型
图E:
人造Rhinovirus(鼻病毒)主蛋白酶的丝带/棍模型
图F:
人造Rhinovirus(鼻病毒)主蛋白酶的丝带模型
不同的二级结构运动可以由他们的颜色辨认:
红色- alpha螺旋群
青绿色- beta折叠群
绿色- beta旋转群
表面模型: 特别是可溶解表面(ie. 分子的表面像被一个样本溶解分子溶解)对于探查蛋白质的表面是否有空穴和空隙可作为潜在的结合穴很有用。在表面的叠加区形象地表示了局部原子载荷－那个区域的结合电子能需求。局部载荷的符号和数值由颜色和强度分别表明。更亮地颜色代表更高地载荷。
蓝色- 负电荷
红色- 正电荷
白色- 中性
这个模型看起来与CPK相似，但可表示表达更多的有用信息。
图G:人造Rhinovirus鼻病毒主蛋白酶的可溶解表面，根据可溶解原子的局部载荷上色。
表面模型可以最有效的表达结合位置，我们用这类表示所有调查对象的结合位置。蛋白质(对象)的剩余部分将用丝带模型显示。这产生最多信息，看起来最中意。例子如下:
图H:
人造Rhinovirus鼻病毒主蛋白酶丝带和表面结构。
这个"空穴"可可以加入抑制剂(=候选药物:抑制蛋白质功能的分子(目标)即潜在药物)。例子如下:
图I:
人造Rhinovirus鼻病毒主蛋白酶丝带和表面结构与抑制剂(AG7051)在活性部位结合。
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