D2OL:项目背景

概览

(D2OL)™最初是由Sengent有限公司开发的用来降低成本和提高蛋白质药物评估效率的平台。感谢大家的无私奉献，(D2OL)™现在是一个极有效的寻找生物目标疫苗的工具。

尽管现有的化合药物有着举足轻重的作用，但当前最新的科学技术和方法已经被证实它慢，昂贵，不可靠。Sengent的团队杠杆技术，是一个利用网络协作技术开发的开放的协作模型。(D2OL)™表明这个权威平台可以为基础结构药物设计提供足够的深度，精确度和适应性。

(D2OL)™利用您计算机的空闲时间来帮助寻找疾病的疫苗。简单地说， (D2OL)™是一个安装到您计算机上的给病毒疫苗评估的软件。

(D2OL)™技术使寻找疫苗就像给一把锁配钥匙一样。作为用户，您不用作任何事，软件在它运行时会自动分析数据。它工作时您无需保持在线。

更多有关大规模虚拟筛选的内容(PDF格式).

评估

在许多方面给一个药物评分都很像给一把锁（目标）找一把钥匙（药物）。

给药物和目标结构的结合键能的详细评分要在三维方向上重复成千上万次，以确定和目标结合的最佳位置，很像给锁配钥匙。这个过程只需要目标结构和药物模型。因为他们都很微小所以很容易实现并行和分布式计算。

(D2OL)™评分时工作流程如下：

如果本地计算机上没有目标结构就进行下载。
请求包含药物结构的数据包进行评分。
药物的基础结构随时都在改变——分子上的某些原子具有变化的方向和三维结构导致对目标位置的“结合分值”不同。
使用遗传算法为每个结构在目标上不同的位置点评分，并记下结合能量的最低值。
10-30个不同的结构被产生和评分后，结果会被传回(D2OL)™服务器，然后会开始对新药物的评分。被测试结构的数量取决于被测目标。
每天我们我们网站都会把结果进行排名，并把最好的药物发布在页面上。

想了解更多请看 FAQ 页面。

药物改革2000：罕见疾病和全球健康项目

化验为罕见和突现的微生物疾病而研制的复方临床药物

作为被诊断患有罕见的无法医治疾病的儿童和其它未满足医疗需求的第三世界人民的拥护者，我们认为这是全球药物研制届的一个重要机会。这是个挑战系统测试所有批准的药物以及那些处于各种临床发展阶段的潜在有效的治疗罕见儿童疾病和未满足医疗需求的第三世界人民的药物的机会。我们的目标是获得一套2000+的正处于临床研制中化合物并对他们进行高吞吐量的筛选化验，并把这种资源对所有非盈利和研究罕见疾病和紧急微生物(如，SARS病毒和炭疽病菌)在第三世界流传并可能成为全球性健康危急的疾病的学术研究员免费开放。

罕见的疾病和流行病有相同的分子瑕疵

最近人类基因组计划的完成加速证明了基因是许多罕见的儿童疾病和特别地影响第三世界人民的疾病的成因。因为这些疾病，最近用生物化学，电信号或隧道方法证明大众关心的疾病譬如癌症，心脏病或糖尿病都是由基因导致的。例如，基因导致的I型Neurofibromatosis(纤维神经瘤)，Cowden症和 Retinoblastoma随后被证明与许多癌症包括乳腺癌，glioblastoma multiforme和前列腺癌密切相关的。在为治疗这些疾病的当中的任何一个的症状而开发的有用药物也许会导致药物同时向治疗许多共性癌症的方向发展。

瞄准一种罕见疾病努力将极大减少研制时间和费用

集中于一种罕见疾病的研发项目能增加执行一个特效药研发项目的综合效率。许多罕见疾病由一个全国社团性、非盈利性组织(如，Tuberous Sclerosis(结节性硬化症)联盟，美国的Crohn和Colitis基金会，Cystic Fibrosis基金会，Juvenile Diabetes基金会)支持。这些组织不仅对于特定的疾病的体内和体外研究者提供一个交流场所而且对'临床联盟'－－一个在罕见疾病方面有丰富临床经验，能设计临床试验并及时找到目标患者人完成临床测试医学专家协调小组的成立起了一定的促进作用。最重要地，这些组织对于患者病情和他们的家庭照料的影响起基础的作用。当Novartis开发imatinib(Gleevec®)对许多不同类型的癌症起抗性作用的tyrosine kinase抑制剂受体时认可了这个机会。Novartis选择了慢性骨髓性白血病，一个80%是因为一种叫Philadelphia染色体的基因突变有关的罕见白血病，作为imatinib的第一表征。支持所有好处上述列出了得, imatinib在3½年结束了3个阶段所有临床研发(业界标准的6+)。另外，由于议员耐心地提倡，药物数月内通过了FDA(粮食与药物管理局)审批流程，并规定了一个药物研发地"最佳的实践"新标准。

老当益壮：当前销售中的药物被发现对治疗罕见的疾病有效

当寻找治疗罕见疾病地候选药物时，第一个和最容易看的会是已上市地药物。这些药物证明口服安全性，并已有关于制造，发行和销售地管理指南。所需的仅是一次临床试验证明药物对治疗罕见疾病有效。实际上，最近这种方法已由研究团体运用于Tuberous Sclerosis－导致良性肿瘤恶化的基因突变，还有在所选组织里的hamartomas。Rapamycin，亦称sirolimus，成了后来肾脏移植的标准排异抑制药物。在过去5 年，科学家揭示了rapamycin的机理，即它用mTO束缚和转动蛋白质R并随后停止细胞生长和蛋白质合成因此目标细胞异常。去年，从事 Tuberous Sclerosis研究的科学家表明引起基因TSC的二个蛋白质为，tuberin和hamartin，并在检测中直接或间接的抑制mTOR活性。因此，Tuberous Sclerosis患者的tuberin或hamartin异常，mTOR活动会增加以致细胞生长失控最终导致hamartomas。一个治疗 Tuberous Sclerosis患者的想法是恢复细胞生长控制并消除hamartomas。Rapamycin，因为它能控制mTOR，是Tuberous Sclerosis患者的一种mTOR调控方案。一个临床试验测试将会进行如果成功，将非常迅速，使这种药物用于大部分Tuberous Sclerosis患者。

筛选销售复方药中有用的; 筛选研发中复方药将是最新的产业技术

当前的制药部门报告声称，从科学家发现特定蛋白质到药物成品被FDA批准要平均15年。它建议销售中的药物，包括rapamycin和imatinib，代表，平均15-30年前的科学创新。大多当前的想法和'焦点话题'，特别是最近由于人类基因组计划的完成而火爆的药物目标证明和选择，不在销售的药物列表之中。最好，这些药物也只是在临床前或临床研发的阶段。我们相信，很快这些'研发中'药物便可用于令科学界头疼的儿童罕见疾病和共同对第三世界人民的疾病进行适合他们医疗环境的测试或临床研究，等不急的患者也可用这些要救命。下面，我们提出对非盈利和学术小组研发的所有新临床药物进行罕见疾病的体内外检测的模型机制。

第三方将收集和分配试验性化合物

从操作的立场而言，使用已销售药物的这个目标的可行性已经被证实。Gaylordsville, CT Microsource Discovery Systems公司。商业上提供光谱收集器，一种高吞吐量的有2,000种生物活性化合物包括1,000中已销售药物的筛选阵列。National Institute of Neurological Diseases and Stroke(NINDS)获取了这个库用于非盈利和学术小组的神经病学研究。这个节目中，许多科学家得以使用那样他们梦寐以求的有用的化合物。这个为 Amyotrophic Lateral Sclerosis(ALS)筛选的结果在www.alsa.org/news/news052201.cfm。在这以后，我们在Rothberg儿童疾病研究院的自己的研究计划筛选了这个库，寻找我们用于体外细胞生长试验的化合物－－可以有选择性地杀死Tuberous Sclerosis细胞而不会伤害原生细胞地化合物。筛选了2,000种化合物，1种化合物符合了我们的标准，我们热情地进行第二次产品实验以确认候选药物作为一种新药能治疗与Tuberous Sclerosis相关的病症。

交叉产业合作加速罕见和紧急的微生物疾病药物的研发

我们的挑战投入到对所有有有效的IND程序和小分子化合物制造工艺的制药和生物技术公司，这样项目发现的每一个审查化合物都可以不受限的马上投入生产。在第三方经销商帮助下提供了一个有次领域以往记录的分配器，然后我们将努力协调把库分发到对此感兴趣的调查员手中。我们将由IND程序从这套化合物中递交的数量评估成果以支援儿童罕见疾病和第三世界的紧急的微生物疾病治疗。

我们欢迎所有建议，评论和贡献。请发电子邮件到 drug2000@childhooddiseases.org

                                                                    Sincerely,


                                                                    BERothberg MD

                                                                    Bonnie E. Gould Rothberg, MD
                                                                    Medical Director
                                                                    The Rothberg Institute for Childhood Diseases

                                                                    Jonathan M. Rothberg PhD

                                                                    Jonathan M. Rothberg, PhD
                                                                    Chairman
                                                                    The Rothberg Institute for Childhood Diseases

更多的出版物相关信息请联络:
Dr. Bonnie Gould
(203)641-4245
bgould@childhooddiseases.org