近一周来折腾Gentoo Linux的一点点成果～～～

ONLY

还有test4：

3213.test4.rar (3.93 MB, 下载次数: 1713)

2012-9-7 17:34 上传

点击文件名下载附件

cuda

回复 44# ONLY

test3可以打开睿频了，下面将测试一下性能。
不过intel Enhanced SpeedStep和Intel Penrium 4 clock modulation建议不要选上。
前者已经标注为deprecated了，后者似乎是降低频率用的，因为p4不支持睿频。

1. pkg core CPU   %c0   GHz  TSC   %c1    %c3    %c6   %pc3   %pc6
   
2.              100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
3.    0   0   0 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
4.    0   0  12 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
5.    0   1   2 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
6.    0   1  14 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
7.    0   2   4 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
8.    0   2  16 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
9.    0   8   6 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
   
10.    0   8  18 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
11.    0   9   8 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
12.    0   9  20 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
13.    0  10  10 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
14.    0  10  22 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
15.    1   0   1 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
16.    1   0  13 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
17.    1   1   3 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
18.    1   1  15 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
19.    1   2   5 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
20.    1   2  17 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
21.    1   8   7 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
22.    1   8  19 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
23.    1   9   9 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
24.    1   9  21 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
25.    1  10  11 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00
    
26.    1  10  23 100.00 2.53 2.40   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00

复制代码

cuda

拿一个6901进行了测试，我原来的3.2.9内核TPF=16m10s，而新内核TPF=16m18s，似乎性能反而有所下降。
两者DLB都开了，都装了thekraken。BFS内核的rr_interval已经设置为300。
发现BFS内核有个问题就是rr_interval设置成300以后DLB非常难打开。我是采用先把这个值改小，等DLB激活后再改大的方法，这样才能使用DLB。
还有一个问题就是rr_interval设置300以后，用户交互会比较迟钝，turbostat的显示也会有问题。
不过我测试的机器是双路5645。E5上的结果不知道会不会发生变化，金版有时间的话可以测试一下。

跑分效能如何？
ONLY 发表于 2012-9-7 16:35

金鹏

机器放在办公室，空了去试试神医测试内核

金鹏

回复 46# ONLY
回复 48# cuda

可以正常计算并打开睿频和DLB,但是效能不如CUDA兄弟的3.2.9内核,平均慢了10S
SYS开始占用1%,计算一段时间后在7%上下波动,

1. CUDA核心3.2.9,手动开启计算
   
2. 
   
3. [16:10:30] Project: 8101 (Run 8, Clone 10, Gen 47)
   
4. [16:10:30]
   
5. [16:10:30] Assembly optimizations on if available.
   
6. [16:10:30] Entering M.D.
   
7. [16:10:37] Mapping NT from 32 to 32
   
8. [16:10:40] Completed 0 out of 250000 steps  (0%)
   
9. [16:27:02] Completed 2500 out of 250000 steps  (1%)
   
10. [16:43:00] Completed 5000 out of 250000 steps  (2%)
    
11. [16:58:59] Completed 7500 out of 250000 steps  (3%)
    
12. [17:14:57] Completed 10000 out of 250000 steps  (4%)
    
13. [17:30:55] Completed 12500 out of 250000 steps  (5%)
    
14. [17:46:53] Completed 15000 out of 250000 steps  (6%)
    
15. [18:02:51] Completed 17500 out of 250000 steps  (7%)
    
16. [18:18:50] Completed 20000 out of 250000 steps  (8%)
    
17. 
    
18. [00:57:45] Completed 82500 out of 250000 steps  (33%)
    
19. [01:13:41] Completed 85000 out of 250000 steps  (34%)
    
20. [01:29:37] Completed 87500 out of 250000 steps  (35%)
    
21. [01:45:34] Completed 90000 out of 250000 steps  (36%)
    
22. [02:01:31] Completed 92500 out of 250000 steps  (37%)
    
23. [02:14:10] ***** Got a SIGTERM signal (15)
    
24. 
    
25. 
    
26. 
    
27. 神医3.5.3内核,手动开启计算
    
28. 
    
29. [02:57:59] Project: 8101 (Run 8, Clone 10, Gen 47)
    
30. [02:57:59]
    
31. [02:57:59] Assembly optimizations on if available.
    
32. [02:57:59] Entering M.D.
    
33. [02:58:05] Using Gromacs checkpoints
    
34. [02:58:07] Mapping NT from 32 to 32
    
35. [02:58:36] Resuming from checkpoint
    
36. [02:58:38] Verified work/wudata_07.log
    
37. [02:58:40] Verified work/wudata_07.trr
    
38. [02:58:41] Verified work/wudata_07.xtc
    
39. [02:58:41] Verified work/wudata_07.edr
    
40. [02:58:42] Completed 94665 out of 250000 steps  (37%)
    
41. [03:01:18] Completed 95000 out of 250000 steps  (38%)
    
42. [03:17:45] Completed 97500 out of 250000 steps  (39%)
    
43. [03:34:12] Completed 100000 out of 250000 steps  (40%)
    
44. 
    
45. 
    
46. 神医3.5.3内核,WEB开启计算
    
47. [03:39:13] Project: 8101 (Run 8, Clone 10, Gen 47)
    
48. [03:39:13]
    
49. [03:39:13] Entering M.D.
    
50. [03:39:19] Using Gromacs checkpoints
    
51. [03:39:21] Mapping NT from 32 to 32
    
52. [03:39:50] Resuming from checkpoint
    
53. [03:39:51] Verified work/wudata_07.log
    
54. [03:39:53] Verified work/wudata_07.trr
    
55. [03:39:54] Verified work/wudata_07.xtc
    
56. [03:39:54] Verified work/wudata_07.edr
    
57. [03:39:54] Completed 99115 out of 250000 steps  (39%)
    
58. [03:46:01] Completed 100000 out of 250000 steps  (40%)
    
59. [04:02:07] Completed 102500 out of 250000 steps  (41%)
    
60. [04:18:11] Completed 105000 out of 250000 steps  (42%)
    
61. [04:34:18] Completed 107500 out of 250000 steps  (43%)
    
62. 
    
63. CUDA核心3.2.9,WEb开启计算
    
64. 
    
65. [04:41:57] Project: 8101 (Run 8, Clone 10, Gen 47)
    
66. [04:41:57]
    
67. [04:41:57] Assembly optimizations on if available.
    
68. [04:41:57] Entering M.D.
    
69. [04:42:03] Using Gromacs checkpoints
    
70. [04:42:05] Mapping NT from 32 to 32
    
71. [04:42:29] Resuming from checkpoint
    
72. [04:42:29] Verified work/wudata_07.log
    
73. [04:42:30] Verified work/wudata_07.trr
    
74. [04:42:30] Verified work/wudata_07.xtc
    
75. [04:42:30] Verified work/wudata_07.edr
    
76. [04:42:30] Completed 108370 out of 250000 steps  (43%)
    
77. [04:53:17] Completed 110000 out of 250000 steps  (44%)
    
78. [05:09:13] Completed 112500 out of 250000 steps  (45%)
    
79. [05:25:07] Completed 115000 out of 250000 steps  (46%)
    
80. [05:41:01] Completed 117500 out of 250000 steps  (47%)

复制代码

cuda

回复 50# 金鹏

测试辛苦了。
现在发现top中的sy占用高低和性能没有什么直接联系，我已经可以把它降低到0.0%了，但是性能完全没有提升。
此外BFS补丁似乎也是负的作用，我曾经试过给3.2.9内核打上BFS补丁，但是结果性能也是反而下降了。

金鹏

回复 51# cuda

我觉得SYS占用和计算效率有关联,SYS高于10%时PPD下降厉害,过度低PPD也下降厉害,似乎取得一个最佳平衡点才是优化的目标

觉得兄弟的3.2.9优化的很好,可以把经验分享给神医借鉴

cuda

回复 52# 金鹏

我的其实基本上也都是默认参数，我估计这个10秒差距主要来自BFS的副作用，此外不同版本的内核效率也会带来细微差别。
关于BFS，其实从原理上来讲应该是能提升性能的，我之前对其也抱有很大希望，但是不知道为什么实际效果不好。
BFS内核带来的rr_interval参数不错，如设置为比较大的值可以提升一些性能，但还是比非BFS的普通内核差。

金鹏

回复 53# cuda


  是不是还有其他因素没考虑进来影响了提升？

ONLY

Test第5版：

3213.test5.rar (3.53 MB, 下载次数: 1711)

2012-9-10 09:20 上传

点击文件名下载附件

未打BFS补丁～～～

zglloo

神医 在琢磨 LFS？ 这个我以前编译了很久没有成功的 也是Gentoo

woozhou

整好了大家都跑

cuda

回复 55# ONLY

测过了，双5645上6901的TPF达到15m53s，比我原先的3.2.9快了10几秒。估计是AVX的功效？
金版的双路E5建议也试试，我看看正在测试的4P 4650有没有可能也试一下，用来突破百万PPD。
update: 4650上测试过了，TPF和3.2.9持平，没有改善。
update2: 刚才用原先的3.2.9内核再测了一下，结果6901的TPF也是15:53，两个内核成绩完全相同。看来这10几秒的提升是其他原因造成的。。

[03:18:00] Project: 6901 (Run XX, Clone XX, Gen XXX)
[03:18:00]
[03:18:00] Assembly optimizations on if available.
[03:18:00] Entering M.D.
[03:18:06] Using Gromacs checkpoints
[03:18:08] Mapping NT from 24 to 24
[03:18:31] Resuming from checkpoint
[03:18:33] Verified work/wudata_02.log
[03:18:33] Verified work/wudata_02.trr
[03:18:34] Verified work/wudata_02.xtc
[03:18:34] Verified work/wudata_02.edr
[03:18:35] Completed 48645 out of 250000 steps  (19%)
[03:27:21] Completed 50000 out of 250000 steps  (20%)
[03:43:14] Completed 52500 out of 250000 steps  (21%)
[03:59:07] Completed 55000 out of 250000 steps  (22%)

cuda

刚才在4P 4650上试过了，性能却没有提高。看来1M PPD还要等等了。

ONLY

刚才在4P 4650上试过了，性能却没有提高。看来1M PPD还要等等了。
cuda 发表于 2012-9-10 13:14

有没有加上thekraken？