FightAIDS@home新手攻略

mooncat · 发表于 2003-11-13 00:00:00

FAIDSChina小组简介：
FAIDSChina小组成立于2003年11月13号，是中国第一个研究AIDS药物的分布式运算小组，在此我希望所有关注AIDS的电脑用户加入我们，共同为研制AIDS药物做出自己的贡献。
FightAIDS@home：
一个研究AIDS药物的分布式运算，FAAH客户端会在你的计算机上进行AIDS病毒与候选化合物之间的对比，以找出杀灭AIDS病毒效果最佳、最有效的化合物，制作成消灭AIDS的药物。
使用说明：
先到该页面下载在客户端http://mooncat.51.net/aids/download.htm
在安装过程最后会弹出如图所示的对话框，请按照图中的解释设置即可
注意：安装时请务必按照默认的路径安装！否则将无法正常运行

[此贴子已经被Lightalt于2004-5-24 19:14:22编辑过]

mooncat · 发表于 2003-11-13 00:00:00

以下是引用equn在2003-11-13 17:59:16的发言：
不错！支持！

第一次装的时候忘了截图，所以只好从装了
结果21 tasks有从头了

[B]FightAIDS@home原理[/B]
感谢Jedimaster翻译

计算科学家们指导我们在科学研究使用计算模型。他们编写特殊的程序（或者使用别人开发的软件）将物理、化学和生物学等自然科学转换成数学语言计算。这可以在人体内表现出精确的化学变化（比如分子互相是怎样分裂的），可以预报诸如飓风的行进路线，预报二氧化碳在大气层里对我们的影响。

在Olson实验室的我们正在使用计算模型鉴定候选药物的形状及化学特性来寻找抑制HIV的生物蛋白酶。一般是用一个依照NIGMS/NIH叫做“基于结构的药物设计”（Structure-Based Drug Design）的方法。它现在已经对世界上的AIDS人群产生了戏剧性的影响。

HIV的生物蛋白酶由一个核心组成，当病毒成熟后就将它封锁起来，从而消除AIDS。

当一种候选药物由计算模型被鉴别出来后，他们就在实验室中被同步的制造出来，放到细胞群中测试。一小部分幸运的分子通过了好些年的毒副作用测试后，还需要临床测试和依照FDA严格的规定：终于，发明成功的药物就可以作为医生可作为处方的药物出售了。在Olson实验室的我们当然不是制造药品的，也不是为了经济利益（Scripps Research Institute是美国最大的公立非盈利性的研究组织）。我们只探索找到药物的新方法，比如，消除HIV的抗药性。

时间已经重复的证明了，细胞的作用只和它分子结构的3D模型有关系。在这一点上，TSRI的Olson实验室正在努力研究通过一个大蛋白质分子的结构来设计药物的方法。通过INTENET传送过来的数据储存进我们的数据库这样就可以准确描述分子（蛋白质或药物）结构。但是问题是，不是所有有关蛋白质结构的数据都是我们已知的那些。

我们的实验室正在研究怎样使用计算机在分子原子级为自然现象建模。这样就可以预知一种候选药物怎样和一种蛋白质凝固起来。这个候选的分子应该比自然状态下的蛋白质更加能紧紧的凝固起来：如果这样，它就被叫做抑制蛋白酶。抑制一部分特定的蛋白质是生化科学的一种方法，它可以阻止一些病毒的影响比如AIDS。

我们正在通过INTENET应用分布式网络计算，使用一个叫做AutoDock的软件。AutoDock是一个可以通过3D模型来预测小分子怎样抑制它的一个精简工具。软件第一个版本在1990年由David S.Goodsell博士编写出来，而更新更完善的版本则由Garrett M.Morris博士编写，加入了科学的运算策略，效率更高，让我们的科学家更容易使用。

当我们通过基于结构的方法已经将抗AIDS的药物设计出来后，HIV病毒又变异了：甚至当药物开始减少病毒数目时，一些HIV的突变异种已经有了抗药性。这当然不是因为它是智能型的生物，而是因为它有一种“Sloppy”方法来一代又一代的复制RNA（病毒DNA一种等价物）。这个过程是相当完美的自然进化。只要有一些病毒躲过了药物，那么在它下一代就会产生抗药性。

结果，我们把焦点都放在了用计算的方法来为抗药性进化建模，设计可以抑制病毒变异的药物。这项工作被我们给予厚望，它可以通过计算来分离病毒上千万种的不同变异形态。这是一个好消息，尽管这种方法可以比仅仅把目光放在病毒的一种形态来研究更有优越性，可以设计出新的药物。这样的一个过程被“计算新演变”所制约，在计算机里，药物可以和滤过性毒菌的蛋白酶一起“进化”。

这样需要一个很大数目的试验“Docking”才能对目标进行计算。我们通过Internet发起的分布式计算可以尽可能的将单个的“Docking”发送到成千上万台计算机上计算。结果当然不会是最可靠的，但是它最少可以为我们的科学家提供有价值的参考信息来真正的抵抗HIV。

[ Last edited by 碧城仙 on 2004-12-30 at 03:20 PM ]

mooncat · 发表于 2003-11-13 00:00:00

以下是引用S-Vampire在2003-11-13 18:28:34的发言：
没有后悔的机会？？不是吧？？
这有点不科学

你用用就知道了，否则我就不会从装Faids来截图并建立小组了，直接把后悔药掉出来截图就成了，也可以用后悔药来建立小组了。

equn · 发表于 2003-11-13 00:00:00

不错！支持！

S-Vampire · 发表于 2003-11-13 00:00:00

没有后悔的机会？？不是吧？？
这有点不科学

和平 · 发表于 2003-12-4 00:00:00

多谢~~~
算一个要多少时间?

小筱 · 发表于 2004-1-14 00:00:00

算一个要多少时间？

mooncat · 发表于 2004-1-15 00:00:00

以下是引用小筱在2004-1-14 23:02:09的发言：
算一个要多少时间？

视计算机性能而定，有快有慢

godfather · 发表于 2004-2-6 00:00:00

我算了4个，又重装加你们

闲人 · 发表于 2004-2-25 00:00:00

我不是宽带，用56K的猫
请问他在算的时候要上网吗？

wakk · 发表于 2004-3-2 00:00:00

我装了这个软件,我怎么知道它在工作啊?

和平 · 发表于 2004-3-2 00:00:00

如果是2K系统,XP系统,可以打开任务管理器,看CPU的占用,一直为100的基本上就是了

wakk · 发表于 2004-3-3 00:00:00

我装了两天了，怎么还是０tasks  啊？
Member ID  LS9978P
Public name  kongxiangna
ＡＤＳＬ包月，一直都在上网，ＣＰＵ占用１００％

和平 · 发表于 2004-3-3 00:00:00

不会吧?
2天都是0?那一定就是有问题了
你这样做:
先按停止,再按开始,应该可以,反正我就这么做的

wakk · 发表于 2004-3-3 00:00:00

好了,终于1 tasks 了

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