在原生Linux64环境下进行GPU2/3运算和远程登录管理教程

eai · 发表于 2011-10-19 21:38:30

本帖最后由 eai 于 2012-4-26 23:53 编辑

在ubuntu用cuda运行folding@home （注：只有nvidia gf8400  或以上并且显存是256mb以上的显卡才能运行cuda）

1.  安装跟配置ubuntu

   本文使用的是ubuntu12.04 64位desktop版本，关于ubuntu的安装跟配置方法，请到ubuntu中文论坛http://forum.ubuntu.org.cn或参考《ubuntu8.04速成手册》，里面有详细说明，这里不再一一叙述。需要注意的是我们使用的是64位系统，它是能兼容32位程序，但需要在系统终端里面执行以下命令来安装相应的32位库文件：
   sudo apt-get install ia32-libs ia32-libs-gtk linux32 lib32asound2
   这些问题在《ubuntu8.04速成手册》里面都有详细说明，ubuntu新手建议先按着手册上的内容从头到尾做一遍，就能很快掌握并熟悉ubuntu系统环境。
12.04镜像可到  http://releases.ubuntu.com/precise/下载，其中ubuntu-12.04-desktop-amd64.iso就是

2. 安装最新的 wine版本
   在终端输入以下命令
   sudo apt-get install wine
   wine notepad
   这样就能安装和配置好wine
   需要下载最新版本的wine可参考此网页：http://www.winehq.org/download/ubuntu

3. 安装nvidia显卡驱程
   ubuntu12.04 默认的Nvidia驱动是295.40，一般来说可以正常使用，如果有新的驱动程序，可到nvidia官网下载，以下简要介绍在ubuntu12.04手动编译驱程

   首先安装好编译环境
   sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)$  build-essential
   然后到nvidia网站下载驱程
      http://cn.download.nvidia.com/XF ... x-x86_64-295.40.run
   OK，基本工作做好后：
   首先我们按 ctrl+alt+F1退出X，输入用户名跟密码后，进入超级终端：
   然后我们需要停止X服务：
   sudo  stop lightdm
   关闭X服务后，我们就要彻底卸载系统原有的nvidia驱动程序跟内核模块，依顺序执行以下几个命令：
   sudo rmmod nvidia
   然后进入目录：
   cd  /lib/modules/3.2.*-generic/kernel/drivers/video  ,这里要注意的是 3.2.*-generic是我的linux系统内核，你用的系统内核版本可能不一样，请用命令 “uname -r” 来查看自己的内核版本，再进入相应的版本目录，进入video目录后，把相关的nvidia文件删除
   sudo rm nv*
   到这里，旧有的nvidia驱程就算彻底删除完毕了，接下来我们就安装新驱程，先进入你下载新驱程的目录下，执行以下命令安装驱程：
      sudo sh ./NVIDIA-Linux-x86_64-295.40.run
   然后重启电脑
   sudo reboot
   一切顺利的话，重启系统后就会进入X，判断新驱程是否安装成功有以下三个原则：
   1.  能进入 X
   2.  能启动桌面特效
   3.  打开  “系统--首选项--Nvidia X server Settings”看看驱程版本是否你新安装的版本：

4. 安装cuda toolkit
先下载toolkit3.0 32位版本（没看错，是9.04的cuda3.0包，因为目前还不支持cuda4.0）
http://developer.download.nvidia ... x_32_ubuntu9.04.run
然后安装
sudo sh ./cudatoolkit_3.0_linux_32_ubuntu9.04.run
安装过程一直默认就行，如果想删除toolkit ，只需删除 /usr/local/cuda目录即可
安装完后执行以下命令：
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib:$LD_LIBRARY_PATH
sudo sh -c "echo '/usr/local/cuda/lib' > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf"
sudo ldconfig

修改完毕后，可以重启一下系统让新的系统环境生效，到这里cuda toolkit就算安装完成

5.  下载，安装，配置 cuda wrapper
当你已经完成上面的wine安装后，执行以下命令就能完成wrapper3.0的安装和配置
cd ~/.wine/drive_c/windows/system32
wget http://www.linuxfah.info/wrapper-3.0/cudart/cudart.dll.so
wget http://www.linuxfah.info/wrapper-3.0/cufft/cufft.dll.so
ln -s cudart.dll.so cudart32_30_14.dll
ln -s cudart.dll.so cudart.dll
ln -s cudart.dll.so nvcuda.dll
ln -s cufft.dll.so cufft32_30_14.dll
ln -s cufft.dll.so cufft.dll
然后测试wrapper:
ldd ~/.wine/drive_c/windows/system32/cudart.dll
如果正常显示以下所有提示，则表示wrapper已经配置正确：
linux-gate.so.1 =>  (0xf7706000)
      libcudart.so.3 => /usr/local/cuda/lib/libcudart.so.3 (0xf7697000)
      libwine.so.1 => /usr/lib32/libwine.so.1 (0xf7556000)
      libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf752f000)
      libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf73cc000)
      libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf73c8000)
      libpthread.so.0 => /lib32/libpthread.so.0 (0xf73af000)
      librt.so.1 => /lib32/librt.so.1 (0xf73a6000)
      libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf72b7000)
      libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf72a7000)
      /lib/ld-linux.so.2 (0xf7707000)
   这里细心观察有没有提示哪个文件是 not found的，这个可能是你装了64位版本的cuda toolkit造成的，只要装32位版本就能解决。
   如果没有报文件 not found，那就代表wrapper安装并且配置成功！

6. 安装虚拟cuda设备
   首先我们先编写一个代码文件，文件名称就cudainit，文件代码如下：
#!/bin/bash

PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin

modprobe nvidia

if [ "$?" -eq 0 ]; then

# Count the number of NVIDIA controllers found.
N3D=`/usr/bin/lspci | grep -i NVIDIA | grep "3D controller" | wc -l`
NVGA=`/usr/bin/lspci | grep -i NVIDIA | grep "VGA compatible controller" | wc -l`

N=`expr $N3D + $NVGA - 1`
for i in `seq 0 $N`; do
mknod -m 666 /dev/nvidia$i c 195 $i;
done

mknod -m 666 /dev/nvidiactl c 195 255

else
exit 1
fi
保存后，然后依顺序执行以下命令：
chmod u+x cudainit
sudo ./cudainit
这样就会在 /dev目录下生成两个名称为nvidia0和nvidiactl的虚拟设备文件

7.  下载 FAH 并运行
   首先安装一个解压工具：
   sudo apt-get install unzip
   然后下载最新的gpu2或gpu3客户端
   gpu2：
   http://www.stanford.edu/~friedri ... in32-GPU_XP-631.zip
   gpu3：
   http://www.stanford.edu/~friedri ... in32-GPU_XP-641.zip
   解压缩后进入目录，删除里面所有的dll文件：
   rm *.dll
   然后就可运行fah
   gpu2执行:
   nice wine [email protected] -verbosity 9 -forcegpu nvidia_g80
   gpu3执行：
   nice wine [email protected] -verbosity 9 -forcegpu nvidia_fermi
   如果有多张显卡的朋友可尝试添加参数  -gpu x ,其中x为0~9数字以对应多卡 ,高端的显卡还可以在 -verbosity参数前加 -advmethods参数以获得更高级的运算包*_*

程序执行后会问你在FAH注册的用户名跟团队号码（例如可以填FAH中国团队号码 3213）,然后其余的都可以用默认选项，如果你以上的配置都正确无误的话，你就会看到FAH cuda运行成功了!恭喜你！

关于如何在原生linux上运行SMP2/BIGADV请参考ONLY兄弟的文章：http://www.equn.com/forum/thread-31678-1-1.html

关于安装以外的一些题外话：
1.  关于 fahmon linux版本的安装
fahmon 是一个检测fah客户端运行情况的软件，有兴趣的可以到fahmon.net去下载最新版本的源代码，然后自己编译安装，安装过程若出现库文件找不到的情况，可以到新立德搜索相关关键字，下载其dev版本，编译安装完毕后，若提示找不到文件libwxcurl.so.1，则需要在终端运行一次命令：
  sudo ldconfig
一般就能解决。

2. wine需要再安装nvidia的windows驱程跟directx吗？
均不需要安装windows驱程跟directx，一切均使用原生的linux驱程

3.  如何让fah 在进入系统时自动运行
   首先建立启动文件，执行以下程序：
   sudo gedit /etc/init.d/fahautorun
   在里面添加以下内容：
#!/bin/bash

pushd /home/用户名/Folding@home-Win32-GPU_XP-631/
su 用户名 -c "nice wine [email protected] -verbosity 9 -forcegpu nvidia_g80"
popd
   保存，退出。这里说明的是第三行是你的FAH目录路径。
   然后修改文件属性为可执行：
   sudo chmod +x /etc/init.d/fahautorun
   执行以下命令,建立链接到启动目录（注意大小写）：
   sudo ln -s /etc/init.d/fahautorun /etc/rc2.d/S99fahautorun
   这样每次进入系统都会自动运行fah

4. 如何终止程序的运行
如果在X下只要打开“系统--系统管理--系统监视器”，在里面查看 Fahcore_15.exe 跟[email protected]两个进程，然后关闭这两个进程就行
如果在终端下就要用 ps -auxw命令查看这两个进程的PID号码，然后用kill把相应PID进程杀掉。

5. 关于ubuntu下fah cuda 跟win下 fah cuda的性能对比
win下的效率会更高一点，毕竟在ubuntu下是经过wine层跟cuda wrapper，但性能相差的并不明显，因为使用的是64位系统，而且也是原生的64位显卡驱程，有兴趣的朋友可以对比一下，但对于我这个已经习惯用ubuntu的人来说，这些性能上的微小差距意义并不大。同时也希望FAH能早日推出64位linux系统支持cuda的客户端,这样性能应该会有更明显的提高。
值得高兴的是stanford的开发人员已经着手新客户端的开发，有兴趣的网友可参考以下网页：
https://fah-web.stanford.edu/projects/FAHClient/wiki/BetaRelease
目前v7仍不支持在linux直接运行gpu运算
6.关于远程管理
在linux下用wine跑gpu的有一个很重要的好处，如果在windows用cuda跑，你只要用mstsc远程登录进行管理的话，CUDA的运行就会挂掉（目前还没解决方法？），而在 linux下用wine跑，远程登录完全没问题一切运行正常，因此更适合多机远程管理，虽然用wine时会多消耗一点cpu资源，但对于多核的现代cpu 是小菜一碟。

要远程登录ubuntu服务器，首先必需在ubuntu上打开“系统-首选项-远程桌面”，把“允许其他人查看您的桌面”和“允许其他人控制您的桌面”勾上。

从windows远程管理ubuntu，只需使用windows自带的远程登录工具mstsc，输入服务器的ip地址，管理员ID和密码即可进入服务器进行管理操作
如果从ubuntu远程登录ubuntu，则可用10.10自带的终端服务客户端登录 “应用程序--互联网--终端服务客户端”

Shadowmourne · 发表于 2011-10-19 22:29:38

wine应该可以

金鹏 · 发表于 2011-10-19 22:37:37

试试这个http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=59&t=15196#p158848

也可试试V7的 https://fah-web.stanford.edu/projects/FAHClient/wiki/BetaRelease

Shadowmourne · 发表于 2011-10-19 22:56:44

回复 3# 金鹏

我记得上次看的时候V7还不支持linux的GPU运算……

nekoko · 发表于 2011-10-19 23:41:01

回复 4# Shadowmourne

V7不行，不然国庆也不会少张卡……

Shadowmourne · 发表于 2011-10-20 00:44:29

回复 5# nekoko

求助……
linux下的V7客户端要求必须python 2.6和libGLEW 1.5
但是本机安装的是python2.7和libGLEW 1.6……而且不能回滚
只能下源码自己编译吗？印象中python貌似不可以同时安装多个版本……

eai · 发表于 2011-10-20 01:05:19

向下兼容的吧

Shadowmourne · 发表于 2011-10-20 01:19:37

回复 7# eai

正常情况下是向下兼容的……但是V7要求的是版本python版本=2.6而不是>2.6……

nekoko · 发表于 2011-10-20 07:05:51

回复 8# Shadowmourne

没事儿更新python干什么……

eai · 发表于 2011-10-20 08:46:43

v7貌似只支持windows的gpu运算？在linux跑却是用了cpu运行

eai · 发表于 2011-10-20 09:15:00

看了一下外国论坛的讨论，的确目前V7不能在linux下跑gpu，只能在win上跑，而且研发员对何时推出linux的gpu功能时间还不确定，看了目前在native linux下只能继续用wine跑gpu了，郁闷

Shadowmourne · 发表于 2011-10-20 09:54:35

回复 9# nekoko

从装上系统，python版本就是2.7了……

eai · 发表于 2011-10-20 20:37:12

已经重新整理了在原生linux利用wine跑gpu的资料放到一楼，以前曾经写过一篇，现在重新整理精简后并新添了一点资料，

以前的帖子在这里：http://www.equn.com/forum/thread-22220-1-1.html以供参考

金鹏 · 发表于 2011-10-20 20:42:55

本帖最后由金鹏于 2011-10-20 20:50 编辑

回复 13# eai

感谢兄弟再出精品，兄弟们又多了个好教程

兄弟不必谦虚，标题改成 在native linux下进行GPU3的显卡运算教程 吧

eai · 发表于 2011-10-20 20:54:20

听金版指示改了标题，其实用wine运行实属无奈，还是要希望stanford的开发者们继续努力才行

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