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问关于Folding、Predictor和Rosetta的问题

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发表于 2007-7-31 14:32:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
PiSegment算完了,实验室有闲置的机器,想算一个蛋白折叠类的项目。所以想请问一下大家Folding、Predictor和Rosetta这三个项目哪个比较推荐呢?

特别是我想了解一下它们在算法上的区别,有高人可以简单讲一下么,或者不知道这些项目有相关的论文么?
另外也想知道在哪个项目上中国队排名靠前呢~
谢谢大家!
发表于 2007-7-31 15:39:53 | 显示全部楼层
Folding的wu我个人算得比较少我大部分在boinc下计算
Predictor的计算周期比较长 至今没有计算
Rosetta是我现在首选的项目  但是现金他的占用内存比较大

以下来自http://cn.boincstats.com
Rosetta中国排名 30
http://cn.boincstats.com/stats/c ... osetta&co=China
Predictor中国排名31
http://cn.boincstats.com/stats/c ... pr=pah&co=China
发表于 2007-7-31 16:44:29 | 显示全部楼层
还有wcg,自己感觉,蛋白质折叠和艾滋病,3000+2.4G算起来差不多3~5小时/WU,占用内存80~110M,boinc得分40~60分/WU,各项数据都比较适中
 楼主| 发表于 2007-7-31 20:28:27 | 显示全部楼层
原帖由 zglloo 于 2007-7-31 15:39 发表
Folding的wu我个人算得比较少我大部分在boinc下计算
Predictor的计算周期比较长 至今没有计算
Rosetta是我现在首选的项目  但是现金他的占用内存比较大

谢谢,Rosetta是机器闲置下来后屏保运行的吧?要是这样的话内存就没问题了。
但Folding好像是一边正常工作他一边占用剩余资源的吧?
 楼主| 发表于 2007-7-31 20:31:21 | 显示全部楼层
原帖由 gcabcde 于 2007-7-31 16:44 发表
还有wcg,自己感觉,蛋白质折叠和艾滋病,3000+2.4G算起来差不多3~5小时/WU,占用内存80~110M,boinc得分40~60分/WU,各项数据都比较适中

你是指FightAids吧?想参与他的话到底参加是wcg还是BOINC呢?
wcg里有蛋白质折叠项目么?
发表于 2007-8-1 00:33:38 | 显示全部楼层

回复 #5 feynord 的帖子

WCG主要项目是 FightAIDS@Home      Human Proteome Folding 2  
是艾滋病方面

[ 本帖最后由 zglloo 于 2007-8-1 00:35 编辑 ]
发表于 2007-8-1 08:27:12 | 显示全部楼层
你是指FightAids吧?想参与他的话到底参加是wcg还是BOINC呢?
wcg里有蛋白质折叠项目么?




是的,我参与boinc,同时获得wcg和boinc的积分
另外一个是Human Proteome Folding,暂且叫它人类蛋白质折叠吧
 楼主| 发表于 2007-8-1 14:28:27 | 显示全部楼层
thanks!
准备先下个BOINC了。算算Fighraids和Rosetta。

[ 本帖最后由 feynord 于 2007-8-1 14:30 编辑 ]
发表于 2007-8-1 18:57:50 | 显示全部楼层
就算计算暂停,最好也设置成将计算程序留在内存里,不然这个项目的存盘间隔有点长,老把它从内存中请出去的话,计算力很容易就浪费了

原帖由 feynord 于 2007-7-31 20:28 发表

谢谢,Rosetta是机器闲置下来后屏保运行的吧?要是这样的话内存就没问题了。
但Folding好像是一边正常工作他一边占用剩余资源的吧?
 楼主| 发表于 2007-8-1 20:55:42 | 显示全部楼层
恩,个人机打算存在内存里,服务器就不打算存了,不过我不太清楚如果设定成闲置3分钟后才启动运算的话,像远程登录这种行为算打破“闲置”么?
发表于 2007-8-1 21:11:45 | 显示全部楼层
我个人比较喜欢和推荐SIMAP的,只不过这个项目的WU有点紧俏
 楼主| 发表于 2007-8-1 22:22:25 | 显示全部楼层
楼上的是来自MIT么

SIMAP我看了一下英文介绍,关于同源蛋白质序列比对的是吧,我很有兴趣,但没说清楚它的目的是训练算法还是单纯比对一个个蛋白呢?楼上推荐它有什么原因么
发表于 2007-8-1 22:49:27 | 显示全部楼层

回复 #12 feynord 的帖子

我当然希望自己来自MIT了

那个项目的具体算法我不太清楚

但是我看名字似乎是和矩阵有些关系?

而且似乎是说做某种预测?

我推荐它其实主要是因为任务包稍小,内存占相对来说用也很小
 楼主| 发表于 2007-8-2 12:59:28 | 显示全部楼层

回复 #13 lch=gta 的帖子

恩,应该跟矩阵有关系,不过我不大懂矩阵这些方法学的东西,所以想问:)

目的应该是通过比对已经得到的蛋白质结构,来实现通过序列预测未知蛋白质的结构。
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