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楼主: vmzy

[BOINC] [生命科学类] Rosetta@home

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发表于 2018-3-30 18:54:24 | 显示全部楼层
2018-03-28: Rosetta@Home, Science opinion article about protein engineering and David Baker

Checkout a recent Bloomberg science opinion article about some of the science behind this project, protein engineering, and David Baker, titled Protein Engineering May Be the Future of Science.







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2018-03-28: Rosetta@Home, 科学评论文章:蛋白质工程与David Baker
美国彭博公司(Bloomberg )近日发表了一篇题为《蛋白质工程有望成为科学的未来发展方向(Protein Engineering May Be the Future of Science)》的科学评论文章,介绍了Rosetta@home 项目背后的一些科学知识、蛋白质工程,以及David Baker 。

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发表于 2018-9-18 22:50:04 | 显示全部楼层
2018-09-17: Rosetta@Home, Fluorescent proteins designed from scratch

Congrats to all Rosetta@home volunteers who contributed to a recent report in Nature describing the design of a completely artificial fluorescent beta-barrel protein. As described by one of the main authors, Anastassia, in this forum post:

The paper presents many ?firsts? in computational protein design. It is the first de novo design of the beta-barrel fold (one of the most described folds in the past 35 years, yet mysterious until now). It is also the first de novo design of a protein tailored to bind a small-molecule, which requires very high accuracy in the placement of side chains on protein backbones assembled from scratch. Additionally, we could show that these new proteins could fold and function as expected in vivo! We hope that the advances described in the paper will further enable the de novo design of many biosensors and catalysts tailored for specific applications.

Thanks to all the Rosetta@home volunteers who contributed to the validation of our designed proteins and binding sites.

Here is the link to the IPD webpage that contains a copy of the paper. The work was also featured in the news articles below (the news in Science contains a video of one of our proteins glowing in living cells).

https://www.bakerlab.org/index.php/2018/09/12/de-novo-fluorescent-proteins

https://cen.acs.org/physical-chemistry/periodic-table/Designer-protein-tackles-binding/96/i37
http://www.sciencemag.org/news/2018/09/watch-these-new-designer-proteins-light-when-they-hit-their-target








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2018-09-17: Rosetta@Home,一种完全人造的荧光蛋白
近期发表在《自然》杂志上的一篇论文表明,研究团队成功的设计出了一种自然界中不存在的荧光蛋白。恭喜各位Rosetta@home的志愿者,你们在这项研究中做出了巨大的贡献。论文的主要作者之一Anastassia 在帖子中说道:
我们的论文在计算机蛋白质设计(computational protein design)领域中提出了几个“第一”:第一次从头设计出β桶形结构(beta-barrel fold)折叠(这种折叠方式是在过去35年中被提及最多的折叠方式,但其机理至今尚未被解明),以及第一个从头设计的剪裁后能与特定小分子结合的蛋白质。这项技术需要在给蛋白质的主链安装侧链的时候达到相当高的精度。另外,我们还能够证明这些全新的蛋白质能够如预期的方式在(生物)体内折叠并发挥功能!我们希望论文中的进一步论述能够推进从头设计生物传感器,以及为特定应用定制触媒等工作的进展。
感谢Rosetta@home项目的各位志愿者,你们在对蛋白质设计方案及结合位点的验证工作上做出了卓越贡献。
这里是IPD页面,上面有一份论文的副本:https://cen.acs.org/physical-che ... kles-binding/96/i37
另外,《自然》杂志还对本研究发表了一篇新闻特写(报道中还提供了一段论文中设计的蛋白质在活细胞中发光的视频片段),链接在此:http://www.sciencemag.org/news/2 ... ey-hit-their-target



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发表于 2019-1-8 08:04:58 | 显示全部楼层

2019-01-04: Rosetta@Home, New publication in Nature: programmable heterodimers

A new report was recently published in Nature describing the design of proteins that mimic DNA.

Using computational design, heterodimeric proteins that form double helices with hydrogen-bond mediated specificity were created. When a pool of these new protein zippers gets melted and then allowed to refold, only the proper pairings form. They are all-against-all orthogonal. With these new tools in hand, it may be possible to construct large protein-based machines that self-assemble in predictable ways.

Read the full article here: https://www.nature.com/articles/s41586-018-0802-y (PDF)

We'd like to thank all Rosetta@home volunteers who contributed computing resources used in this work. Thank you!









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2019-01-04: Rosetta@Home, 在《自然》杂志上发表了新文章:可编程的异二聚体(programmable heterodimers)
内容太专业不翻译了(其实是因为看不懂。。)

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发表于 2019-1-8 23:02:23 | 显示全部楼层
Using computational design, heterodimeric proteins that form double helices with hydrogen-bond mediated specificity were created. When a pool of these new protein zippers gets melted and then allowed to refold, only the proper pairings form. They are all-against-all orthogonal. With these new tools in hand, it may be possible to construct large protein-based machines that self-assemble in predictable ways.

简单说,就是利用人工设计的方法,制造了出了折叠构象和DNA一样的蛋白二聚体,换句话说,就是长得像DNA双螺旋一样形状的蛋白质。这个成果说明他们将来可以以“可预知”的方式来主动设计蛋白质了

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发表于 2019-1-15 21:35:27 | 显示全部楼层

2019-01-14: Rosetta@Home, Another publication in Nature describing the first de novo designed proteins with anti-cancer activity

A report was published in Nature last week describing the first de novo designed proteins with anti-cancer activity.

These compact molecules were designed to stimulate the same receptors as IL-2, a powerful immunotherapeutic drug, while avoiding unwanted off-target receptor interactions. We believe this is just the first of many computer-generated cancer drugs with enhanced specificity and potency.

R@h participants provided computing for forward folding experiments used in this study which helped validate designs. We'd like to congratulate and thank all R@h volunteers who contributed to this work! Thank you!

Read the full article here: https://www.nature.com/articles/s41586-018-0830-7 (PDF)









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2019-01-14: Rosetta@Home, 在《自然》杂志上发表了一篇新文章,内容是关于首个完全人工设计的具有抗癌活性的蛋白质。
内容就略了吧。。

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发表于 2019-1-15 23:05:28 | 显示全部楼层
昂宿星团人 发表于 2019-1-15 21:35
2019-01-14: Rosetta@Home, Another publication in Nature describing the first de novo designed prote ...

Rosetta最近真的是太逆天了!不客气滴说,绝对比FAH那帮骗子靠谱!

不过貌似他家的程序更难跑了……

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发表于 2019-1-16 12:41:12 | 显示全部楼层
nekoko 发表于 2019-1-15 23:05
Rosetta最近真的是太逆天了!不客气滴说,绝对比FAH那帮骗子靠谱!

不过貌似他家的程序更难跑了……

感觉,FAH再不济,貌似也比WCG强吧?。。
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发表于 2019-1-16 18:48:05 | 显示全部楼层
nekoko 发表于 2019-1-15 23:05
Rosetta最近真的是太逆天了!不客气滴说,绝对比FAH那帮骗子靠谱!

不过貌似他家的程序更难跑了……

哈哈哈干嘛这么说人家FAH啦,Rosetta最近是比较高产,但是FAH他们家成果不是也很多嘛。。
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发表于 2019-1-16 18:48:58 | 显示全部楼层
zhouxiaobo 发表于 2019-1-16 12:41
感觉,FAH再不济,貌似也比WCG强吧?。。

怎么WCG也惨遭diss。。我错过了什么!?
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发表于 2019-1-16 22:41:19 | 显示全部楼层
昂宿星团人 发表于 2019-1-16 18:48
哈哈哈干嘛这么说人家FAH啦,Rosetta最近是比较高产,但是FAH他们家成果不是也很多嘛。。
...

这个东西不能看数量,Rosetta这个可以够诺奖级了吧……
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发表于 2019-1-16 22:44:06 | 显示全部楼层
nekoko 发表于 2019-1-16 22:41
这个东西不能看数量,Rosetta这个可以够诺奖级了吧……

这么厉害的吗
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发表于 2019-1-17 09:10:41 | 显示全部楼层
昂宿星团人 发表于 2019-1-16 18:48
怎么WCG也惨遭diss。。我错过了什么!?

从研究成果上讲,FAH的确是比WCG好一些?
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发表于 2019-1-17 19:03:34 | 显示全部楼层
zhouxiaobo 发表于 2019-1-17 09:10
从研究成果上讲,FAH的确是比WCG好一些?

其实我感觉WCG比起作为一个项目,更像是一个“子平台”,他的很多所谓“自项目”其实每个拎出来都是不同机构不同方向的研究。。
说到这里我去https://www.worldcommunitygrid.o ... rtBy=&pageNum=1 查了一下他们的论文列表。emmmmm。。对于那么多子项目的大型项目来说确实成果不太多啊
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发表于 2019-1-17 20:40:27 | 显示全部楼层
昂宿星团人 发表于 2019-1-17 19:03
其实我感觉WCG比起作为一个项目,更像是一个“子平台”,他的很多所谓“自项目”其实每个拎出来都是不同 ...

瞅了一眼GPUGRID,发的论文还都是快10年前的(2010、2011这类)。
果然是因为GPU项目运算量大,希望少一些吗。。

emm要功利一些的话,CPU跑肉斯塔,GPU跑FAH还是不错的。
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发表于 2019-1-18 00:26:56 | 显示全部楼层
zhouxiaobo 发表于 2019-1-17 20:40
瞅了一眼GPUGRID,发的论文还都是快10年前的(2010、2011这类)。
果然是因为GPU项目运算量大,希望少一 ...

我不管,我就要找外星人!
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