Rosetta@home与POEM@home有什么异同？

barenboim · 发表于 2010-7-12 11:07:21

如题。请达人能够详细解析，谢谢！

Youth · 发表于 2010-7-12 11:50:21

参考一下这个帖子吧，我的理解是用不同的方法做同样的事情：

http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=4

可能就像poem项目方说的，不管各种方法目前的成绩怎么样，至少从CASP的结果来看，大家都还是有不小的改进空间的。

feynord · 发表于 2010-7-12 11:57:39

初看一下,他们的核心都是预测蛋白质结构,但是方法不同.
从已发表的文章题目看,POEM的小组基本是停留在开发原子力场来预测结构本身,应用尚不如rosetta广泛.
楼主想了解哪方面?

feynord · 发表于 2010-7-12 12:04:01

回复 2# Youth

好贴阿~
看来订阅一下项目教授的留言果然不错:)

barenboim · 发表于 2010-7-12 15:46:15

从已发表的文章题目看,POEM的小组基本是停留在开发原子力场来预测结构本身,应用尚不如rosetta广泛.
feynord 发表于 2010-7-12 11:57

那个不是分子热力学吗？原子力场？热力跟力场有差别吧。。。

feynord · 发表于 2010-7-13 08:13:36

回复 5# barenboim

他们的技术核心是他们开发的all-atom forcefield,全原子力场,而力场就是用来将原子的空间位置转化为能量的,对于蛋白质来说能量越低越稳定(越接近天然状态),而这里所说的能量自然是热力学概念了.

barenboim · 发表于 2010-7-14 11:05:21

哦！知道了！原来如此。那哪个预测精度更高？另外Rosetta究竟用什么办法来对蛋白质进行预测？

feynord · 发表于 2010-7-14 12:34:02

本帖最后由 feynord 于 2010-7-14 12:40 编辑

回复 7# barenboim

精度不好说,反正就跟Youth引的那个帖子里说的一样,离真正准确预测都还很远.相对而言,Rosetta名气更大一点,应用也更广泛一点,自然的POEM的方法可能预测某类特殊的蛋白质结构更准.
Rosetta也有自己的能量评价方式(这个很重要,是基础),但Rosetta做预测的核心是通过研究已有蛋白质结构的数据库,找出某个氨基酸序列独特的折叠方式,如果遇到一个未知蛋白质结构含有相似序列,就以同样的折叠方式为基础来进行预测.

另你也可以参考以下官网上关于Science部分的介绍.

barenboim · 发表于 2010-7-25 10:36:02

回复 8# feynord
离真正预测还很远？不是说能够预测误差为原子级的结构吗？那多精确才算是精确呢？

feynord · 发表于 2010-7-25 12:21:02

This page will contain information about the ongoing CASP9 effort on POEM@HOME. The first hard targe ...
霊烏路空发表于 2010-6-9 10:18

参见POEM的对一个蛋白质的预测结果,可以说三个图中结果是完全不一样的结构,其中最多只有一个是接近正确的.
至于需要多精确,这与研究的目的有关系,对于发现药物来说可能不需要太精确,因为只要最后发现的药物有效就好.但是对于研究一些疾病的机理,可能就需要精确的预测结构了,因为哪怕是一点点的结构异常都有可能是疾病的原因,像阿尔茨海默病和疯牛病的机理到现在还没搞清楚.

barenboim · 发表于 2010-7-25 22:50:25

回复 10# feynord
那这两个病能治不？

feynord · 发表于 2010-7-26 12:21:05

回复 11# barenboim

目前都很难治愈...

barenboim · 发表于 2010-7-29 09:32:08

其实我对现代医学还是感到很愤恨，人类医学伴随人类文明发展都几千年上万年，咋回事还有那么多治愈不了的？这是说明人类医学的落后还是啥呢？

Youth · 发表于 2010-7-29 09:54:37

呵呵，不要愤怒，只能说医学还有很大的前进空间：）

feynord · 发表于 2010-7-30 08:44:16

人嘛~~~总是得死的...

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