RNA World

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RNA World
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RNA World logo
cmcalibrate 0.20 计算程序的运行界面
cmcalibrate 0.20 计算程序的运行界面
开发者 Rechenkraft.net e.V.Germany.gif
版本历史 2009年5月29日发布第一个测试版本
计算程序 WindowsLinux
子项目
项目平台 BOINC 平台
项目类别 生命科学
项目状态 运行中/公开注册
官方网址 RNA World
项目文献 分类:RNA World 相关文献
http://www.rnaworld.de/rnaworld/rss_main.php 通过 RSS 获取项目新闻


RNA World (beta) 将互联网上的计算机联合起来组成一台分布式的超级计算机,并用来进行 RNA 相关的研究。

RNA World (beta) 的项目组位于德国,属于 Rechenkraft.net e.V. 研究机构。


目录

如何加入项目

该项目基于 BOINC 平台,简要的加入步骤如下(已完成的步骤可直接跳过):

  1. 下载并安装 BOINC 的客户端软件(官方下载页面程序下载
  2. 点击客户端简易视图下的“Add Project”按钮,或高级视图下菜单中的“工具->加入项目”,将显示向导对话框
  3. 点击下一步后在项目列表中找到并单击选中 RNA World 项目(如未显示该项目,则在编辑框中输入项目网址:http://www.rnaworld.de/rnaworld/ ),然后点击下一步
  4. 输入您可用的电子邮件地址,并设置您在该项目的登录密码(并非您的电子邮件密码)
  5. 再次点击下一步,如项目服务器工作正常(并且有适合自身操作系统的计算程序),即已成功加入项目

更详细的加入方法说明,请访问 BOINC 新手指南BOINC 使用教程

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项目背景

RNA World 项目描述

RNA World是一台分布式超级计算机,利用互联网上的电脑推动核糖核酸(RNA)的研究。这个计算系统致力于对核糖核酸进行鉴定、分析、预测结构、设计核糖核酸分子。这个系统以生物信息学软件为基础,满足高性能,高吞吐量的需求。

有别于传统生物信息学的方法,RNA World并不只依靠某一台桌面计算机,万维网服务器或超级计算机,它代表着一个持续发展的计算机群,这集群来自世界各地,形态各异。因此RNA World的构成相当复杂,连入其中的计算机使用Linux, Windows和OSX等操作系统——您的电脑也能成为其中的一员。由于硬件购置费用和电费由志愿者们分摊,RNA World使一些有趣的、没有太大经济价值的分析成为了可能。作为回报,RNA World不盈利,源代码全部公开,成果向公众公开。

就目前而言,RNA World运行着一个完全自动化、高吞吐量的分析软件Infernal1。Infernal1是一个程序组,最初由Sean Eddys实验室开发,用于非编码RNA的系统鉴定。这个RNA World的子项目的目的是有条理的鉴定所有有机体中已知的RNA成员,并使成果能够及时为公众所知。在您的帮助之下,我们还想为已有的生物信息学数据库(例如Rfam2)提供数据,降低它们未来的维护费用。

相对于其他分布式网格计算项目,RNA World开发者们目前正在设计和目前项目并行的、通用的用户界面,让没有背景的个人科学家有机会提交他们自己的项目,使用类似服务器的界面,当然,这一切是免费的。

为什么要研究 RNA?

细胞里的每个蛋白质都由瞬时合成信使分子(术语叫mRNA)生成。这种mRNA被一种机械式细胞识别,mRNA的碱基序列被翻译成相应的蛋白质。这种蛋白质合成的机制,学名为核糖核蛋白体,就是核酶。这是一种帮助催化的几种RNA分子的集合。因此,RNA不单作为信使分子或在tRNA等中履行结构功能,还是生化反应的催化剂(就像蛋白质的酶)。当然,核糖核蛋白体也含有众多的蛋白质,是一种复杂的核蛋白(略作RNP)颗粒,它的构型功能赋予了核糖体形状。

有趣的是,对人类基因组序列的初步分析显示,我们的基因组里似乎只有很小一部分DNA为蛋白质编码。科学家开始时想:这些垃圾DNA是怎么一回事呢?为什么不删除这些没用的DNA呢?时至今日,科学家们已经清楚了,人类细胞的主要控制部分是由一些小的RNA(学名miRNA)监管的。这些RNA的主要职责是确保细胞不会异常变异(皮肤细胞还是皮肤细胞,肝细胞还是肝细胞,以此类推)(虽然构成这些细胞的物质不同且可辨别),最重要的是,很多癌症就是由于 miRNA失职造成的。此外,我们发现有的病毒也携带有miRNA,以此修改目标细胞的控制网络,造成疾病。

因此,我们可以清楚的看到,对关于RNA的研究(比如RNA World)付出投入将最终产生重大发现,并对未来的保健业产生深远的影响。

引用

  1. Infernal 1.0: inference of RNA alignments. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR. Bioinformatics. 2009 May 15;25(10):1335-7. Epub 2009 Mar 23. PMID: 19307242.
  2. Rfam: updates to the RNA families database. Gardner PP, Daub J, Tate JG, Nawrocki EP, Kolbe DL, Lindgreen S, Wilkinson AC, Finn RD, Griffiths-Jones S, Eddy SR, Bateman A. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D136-40. Epub 2008 Oct 25. PMID: 18953034.
  3. Petabyte-scale innovations at the European Nucleotide Archive. Cochrane G, Akhtar R, Bonfield J, Bower L, Demiralp F, Faruque N, Gibson R, Hoad G, Hubbard T, Hunter C, Jang M, Juhos S, Leinonen R, Leonard S, Lin Q, Lopez R, Lorenc D, McWilliam H, Mukherjee G, Plaister S, Radhakrishnan R, Robinson S, Sobhany S, Hoopen PT, Vaughan R, Zalunin V, Birney E. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D19-25. Epub 2008 Oct 31. PMID: 18978013.


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