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楼主: BiscuiT

[项目新闻] [BOINC] [高新科学研究平台] Ibercivis

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发表于 2010-6-12 09:38:47 | 显示全部楼层
我收到个EMAIL好像说这项目有CONTEST?
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发表于 2010-6-16 15:47:45 | 显示全部楼层
回复 16# GQZX35

不关我们事。。
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发表于 2010-6-16 15:48:44 | 显示全部楼层
2010 年 6 月 16 日

Neurosim 项目更新。

En esta primera fase del proyecto hemos podido calcular con gran detalle numerosas propiedades estructurales características de los aminoácidos, que constituyen los elementos fundamentales de las proteínas. Para ello hemos realizado un número elevado de pequeñas simulaciones sobre cada aminoácido en distintas conformaciones. Estos cálculos, realizados en unos pocos meses en la plataforma Ibercivis hubieran supuesto más de 200 años de tiempo en un ordenador de sobremesa y alrededor de un año en un superordenador de cálculo científico que estuviera dedicado en exclusiva a este proyecto.

En estos momentos estamos realizando el análisis de la información suministrada por el conjunto de los ordenadores de la red. En base a dicha información, estamos planificando la siguiente fase, en la que calcularemos diversas propiedades estructurales sobre los tripéptidos. Entre los objetivos del análisis minucioso que estamos realizando en este momento se encuentra el establecimiento de una estrategia novedosa que permita optimizar el nuevo conjunto de cálculos usando menos recursos computacionales sin alterar la calidad de los resultados. Hay que tener en cuenta que en el caso de los tripéptidos tenemos que combinar una matriz de 20 x 20 aminoácidos, resultando 400 pares. Sobre cada uno de ellos se tiene que realizar una exploración conformacional de manera que se barra todo el espacio de posibles estructuras que puede adoptar la molécula al variar los 4 ángulos de torsión de la cadena principal de átomos que forman el esqueleto del tripéptido. Cada exploración supondrá calcular del orden de 17 millones de posibles geometrías, muestreando, de esta manera, todo el espacio conformacional con una precisión de 30º. Además, para cada geometría se realizará una dinámica suficientemente larga como para obtener información adecuada sobre las fluctuaciones en cada estructura. Es importante, pues, ajustar la magnitud del conjunto de cálculos en aras a poder aprovechar los recursos de computación de la plataforma Ibercivis y obtener así resultados científicamente relevantes.

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发表于 2010-6-17 19:20:16 | 显示全部楼层
2010 年 6 月 17 日

20100616201518-ttr-stabilizers-1.png

淀粉样蛋白长度预测第二阶段

未来6个月内,可以使我们完成第二阶段的淀粉样蛋白长度预测。

原文:

Estimamos en 6 meses lo que nos podría llevar completar la segunda fase del proyecto Amiloide, en la que estudiaremos estructuras optimizadas de recepción TTR, siempre y cuando la tendencia del final de la primera fase de Amiloide continúe.

Utilizaremos las mismas librerias que en la primera fase por lo que calculamos que el número total de work units será de 4.519.146.

Tras esta segunda habrá una tercera fase en la que estudiaremos las estructuras de recepción de los TTR libres (no mutantes). Al finalizar esta tercera fase nos marcaremos nuevas metas como el probable estudio de las estructuras de recepción de TTR mutantes.

--------------------------------------------------------------------------------------------------------

To provide an estimation of the number of calculations and total time for the second virtual screening campaign using an optimized receptor structure of Transthyretin (TTR).

Because we are using the exact same library of ligands (for comparisonof results across different TTR structures), the number of workunits to be sent is the as in the first screening campaign: 2259573 (and since each workunit comprises of 2 docking runs - one per TTR pocket -,  this represents a total of 4519146 docking runs).

Over the last months I have witnessed a constant increase in the Ibercivis performance for AMILOIDE. Therefore, I estimate a period of 6 months of calculations for this second campaign (including resending of the failed workunits).

A third campaign is envisaged for a third receptor structure of wild type TTR (no mutations). After that we will have to agree on further goals, which will probably include the use of mutant structures.

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发表于 2010-8-10 19:26:07 | 显示全部楼层
2010-08-10

使用虚拟机可以在一台机器上同时进行更多的任务。

Hacer varios trabajos simultaneos en ibercivis bajo Linux, Xp, Mac...

Ahora ya es posible, uno de nuestros usuarios de Ibercibis "Mario Perez" nos comentaba en facebook:

"Hola , soy usuario de linux y con la virtualbox instale un xp , se me ocurrio instalar boinc en el sistema virtual , y ohhhh sorpresa , va muy bien aunque solo me lee un procesador , computa bastante deprisa .

Asi que ahora puedo hacer mas trabajos , unos con linux y otros con windows al mismo tiempo .


Con lo que ganas mas creditos , uso un portatil y no se calienta en exceso si confiramos bien las preferencias .


Bueno no soy ni mucho menos un experto pero creo que es buena idea .


Espero les sirva de ayuda ."

Si quieres saber más te dejamos el link de virtualbox, la aplicación desde la que podrás instalar cualquier otro sistema operativo dentro del qu usas habitualmente y lo mejor de todo, sin hace ninguna partición en el disco duro: http://www.virtualbox.org/

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发表于 2010-8-25 21:48:42 | 显示全部楼层
2010-08-25

Muy scale invariant no somos

20100825072752-iberciviscredits.png

En vertical el numero de orden de cada participante y en horizontal los creditos obtenidos desde que funciona ibercivis.

A esto se le suele llamar Complementary Cummulative Distribution Plot, porque para cada punto del eje horizontal el vertical cuantos elementos hay con valores *mayores* que el que marca ese punto. Cambiada de signo, su derivada nos da la distribucion de probabilidad monda y lironda, y cambiando los ejes a esa distribucion tendriamos el plot de Zipf.

A ojo, parte de nuestro grafo tiene un exponente -1.3, lo que en la distribucion de probabilidad nos daria -2.3 y en la de Zipf algo asi como 0.44

Las citas a articulos cientificos se sabe que tienen exponente -2, pero casi todo en internet suele tener exponente -1, o si hilamos muy fino, una zona con exponente digamos -0.8 y otra entre -1.1 y -1.3. El numero de followers en twitter tambien ajusta a -1.276, segun un articulo de Kwak, Lee, Park y Moon.

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发表于 2010-9-24 11:08:39 | 显示全部楼层
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发表于 2010-10-8 08:50:41 | 显示全部楼层
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发表于 2010-12-20 14:05:26 | 显示全部楼层
这几天计算完的结果不能上传,怎么回事啊?马上过期了......
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发表于 2011-1-23 22:01:17 | 显示全部楼层
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发表于 2011-2-8 21:23:33 | 显示全部楼层
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发表于 2013-12-13 07:27:00 | 显示全部楼层
有新的程序mcgi, 目前发放500个wu用来测试,主要测试存盘点
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发表于 2020-1-8 10:13:25 | 显示全部楼层
项目似乎已关闭,BOINCstat上已无相关信息
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发表于 2020-4-30 04:52:44 | 显示全部楼层
项目复活了,目前专跑新冠,需要重新注册
新闻:https://instatecno.com/csic-boinc-farmacos-contra-coronavirus/
项目地址:https://boinc.ibercivis.es/ibercivis/

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zhouxiaobo + 30 感谢发布情报!

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发表于 2020-5-3 22:29:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 xhl1212 于 2020-5-3 22:33 编辑

前几天一直没接到包,今天早上有包了,目前包量充足
注意:目前没有checkpoint,不建议散户入场
这个贴子可以从“已结束项目”挪出来了
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